Cultivos Tropicales Vol. 42, No. 4, octubre-diciembre 2021, ISSN: 1819-4087
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Artículo original

Algunas propiedades físicas, químicas y microbiológicas de un suelo agrícola en Darién, República de Panamá

 

iDAquile Álvarez-González1Universidad de Panamá, Centro Regional Universitario de Darién, CRUD, Corregimiento de Metetí, Distrito de Pinogana, Comunidad de Villa Darién, Estafeta Universitaria Apartado 3366, Panamá.

iDGloria M. Martín-Alonso2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.*✉:gloriamartin73@gmail.com

iDLuis C. Mejía-Franco3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

iDEvangelina López-Vdovenko3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

iDYakelin Rodríguez-Yon2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.


1Universidad de Panamá, Centro Regional Universitario de Darién, CRUD, Corregimiento de Metetí, Distrito de Pinogana, Comunidad de Villa Darién, Estafeta Universitaria Apartado 3366, Panamá.

2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.

3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

 

*Autor para correspondencia: gloriamartin73@gmail.com

Resumen

Para cualquier estudio de suelos siempre es necesario una previa descripción del perfil, en el que se observa su morfología y se presentan una serie de propiedades que son el resultado de la formación del suelo y de la influencia antropogénica. Tomando en consideración esta premisa se realizó la descripción del perfil de un suelo de una finca de Yaviza, Panamá y se determinaron algunas de sus propiedades físicas, químicas y microbiológicas. El suelo se clasificó como Gleysol vértico, debido a las características de diagnóstico encontradas: propiedades gléyicas a menos de 50 cm de profundidad y propiedades vérticas, tiene textura arcillosa, no estaba compactado y el contenido de materia orgánica y las reservas de carbono orgánico del suelo fueron bajas. El pH fue ácido en todo el perfil; sin embargo, la capacidad de intercambio catiónico efectiva osciló entre alta y media, con predominio de los iones Ca2+ y Mg2+ y un elevado porcentaje de saturación por bases. Excepto la relación Ca/Mg, que osciló entre 2 y 6, las demás relaciones internutrientes estuvieron fuera de rango. Las concentraciones de microelementos y de aluminio cambiable fueron bajas o medias. Al analizar la abundancia relativa de microorganismos se encontró que los filos más abundantes fueron Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes y Acidobacteria, todos del dominio Bacteria y del Reino Fungi se observó el predominio del filo Ascomycota, seguido de Basidiomycota y Rozellomycota. Es necesario corregir el desequilibrio entre los nutrientes y chequear la evolución de estas propiedades durante la explotación agrícola del área en estudio.

Palabras clave: 
Gleysoles, características morfológicas suelo, fertilidad, microorganismos del suelo

Recibido: 15/9/2020; Aceptado: 26/6/2021

CONTENIDO

Introducción

 

El suelo es un importante recurso natural con gran influencia sobre el medio ambiente y la economía. De él dependen, en gran medida, la supervivencia y el bienestar de la población actual y las generaciones futuras (11. Serrano-Montero DO, González-Paneque OS, de la Rosa-Andino AA, Aguilera- Corrales Y, Ramírez-Chávez RE. Estrategia de manejo y conservación del suelo en áreas de producción agrícola. Revista Ingeniería Agrícola [Internet]. 2017;7(1):41-8. Available from: https://revistas.unah.edu.cu/index.php/IAgric/article/view/512 ). La fertilidad de los suelos se considera un factor determinante en la disponibilidad de nutrientes para las plantas cultivadas. Es difícil comprender la fisiología de la nutrición de los cultivos económicos, sin un estudio adecuado de los indicadores que conforman la fertilidad y la naturaleza de los suelos, sobre todo, en las regiones tropicales (22. John-Louis CM, Vantour-Causse A, Tamayo-Sierra AA. Estado de la fertilidad química de los suelos ferralíticos rojos de la granja Los Pinos. Revista Ingeniería Agrícola [Internet]. 2017;7(3):17-22. Available from: https://revistas.unah.edu.cu/index.php/IAgric/article/view/767 ).

Sin embargo, en los estudios de fertilidad del suelo se hace indispensable incluir los análisis relativos a la biología del suelo debido a que la mayoría de las transformaciones de los nutrientes en el suelo son realizadas por los microorganismos del suelo. Al respecto, varios estudios han establecido la importancia de la microbiota del suelo y sus interacciones para la mineralización de los nutrientes y la nutrición de las plantas (33. Soria MA. ¿ Por qué son importantes los microorganismos del suelo para la agricultura? Química Viva [Internet]. 2016;15(2):3-10. Available from: http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/v15n2/E0037.pdf ). Para cualquier estudio de suelos siempre es necesario una previa descripción del suelo como tal. Por una parte, es el primer contacto que se tiene con los suelos que puedan existir en la región de estudio y, por otra, el perfil de suelo se manifiesta a través de su morfología, en la cual se presentan una serie de propiedades que son el resultado de la formación del suelo y de la influencia antropogénica, si existe (44. Vera Macías L, Jiménez A, Gallo F, Guzmán Cedeño A, Cedeño A. Manual para la cartografía de suelos y la descripción de perfiles de suelos [Internet]. 1st ed. Escuela Superior Politécnica Agropecuaria de Manabí. Calceta, Manabí. Ecuador: Editorial Humus; 2017. 76 p. Available from: https://www.researchgate.net/publication/330968626_MANUAL_PARA_LA_CARTOGRAFIA_DE_SUELOS_Y_LA_DESCRIPCION_DE_PERFILES_DE_SUELOS_Adaptado_a_las_caracteristicas_de_los_suelos_de_la_parte_centro_norte_de_Manabi ).

De manera general, los análisis iniciales de las propiedades físicas, químicas y biológicas de un suelo son un paso indispensable para proceder a un manejo agrícola sostenible, tomando en consideración sus factores limitantes y propiciar un manejo que conserve, mejore e incremente, tanto las propiedades del suelo como las producciones agrícolas sin afectar al medio ambiente.

Tomando en consideración la importancia de describir y caracterizar cualquier suelo con un uso agrícola, se efectuó la presente investigación con el objetivo de realizar la descripción del perfil de un suelo y determinar algunas de sus propiedades físicas, químicas y microbiológicas.

Materiales y métodos

 

Para realizar la caracterización de algunas propiedades físicas, químicas y microbiológicas se seleccionó un suelo de la finca “El Mamey”, ubicada a 800 m al sur de la carretera Panamericana, en la localidad de Yaviza, distrito de Pinogama, provincia de Darién, República de Panamá. Este suelo estaba cubierto de pastos naturales, fue sometido a fuego y estaba bajo laboreo agrícola para con posterioridad realizar la siembra de cultivos anuales.

Se procedió al examen visual del terreno y con auxilio de palas, se procedió a la apertura de una calicata, aproximadamente al centro del terreno y en la parte media de la pendiente. Las dimensiones de la cala fueron de 1 m por 1 m de largo y ancho y 1,12 m de profundidad. Una vez realizada la apertura, se procedió a describir el suelo (44. Vera Macías L, Jiménez A, Gallo F, Guzmán Cedeño A, Cedeño A. Manual para la cartografía de suelos y la descripción de perfiles de suelos [Internet]. 1st ed. Escuela Superior Politécnica Agropecuaria de Manabí. Calceta, Manabí. Ecuador: Editorial Humus; 2017. 76 p. Available from: https://www.researchgate.net/publication/330968626_MANUAL_PARA_LA_CARTOGRAFIA_DE_SUELOS_Y_LA_DESCRIPCION_DE_PERFILES_DE_SUELOS_Adaptado_a_las_caracteristicas_de_los_suelos_de_la_parte_centro_norte_de_Manabi ) y se establecieron los colores, según la Tabla Munsell (55. Color (Firm) M. Munsell soil color charts [Internet]. 1992 rev. ed. New York: Macbeth, Division of Kollmorgen Instruments Corp., Munsell Color; 1992. 1 v. (loose-leaf): Available from: https://openlibrary.org/works/OL219096W/Munsell_soil_color_charts ). La clasificación del suelo se realizó siguiendo lo indicado en la Clasificación de Suelos de Cuba 2015 (66. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. Clasificación Genética de Los Suelos de Cuba. Nueva Versión. 1st edicion. Vol. 40. EDICIONES INCA; 2015. 93 p.), el World Reference Base (77. WRB IWG. World reference base for soil resources 2014 International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. FAO [Internet]. 2015; Available from: https://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/handle/JRC91947 ) y la Soil Taxonomy (88. USDA, Departamento de Agricultura de los Estados Unidos Servicio de Conservación de Recursos Naturales. Claves para la taxonomía de suelos [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021]. 410 p. Available from: https://www.nrcs.usda.gov/sites/default/files/2022-10/Spanish-Keys-to-Soil-Taxonomy.pdf ).

Con posterioridad se tomaron muestras por triplicado en la profundidad del perfil para determinar la humedad natural, por el método gravimétrico y densidad aparente, por el método de los cilindros cortantes (99. Hernández JL. Métodos para el análisis físico de los suelos. Manual de laboratorio. Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA). Ediciones INCA. La Habana, Cuba [Internet]. 2007; Available from: https://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/2914254 ). También se tomaron muestras por triplicado de aproximadamente 500 g de cada horizonte que se trasladaron hasta el Instituto de Investigaciones Agropecuarias de Panamá (IDIAP), para realizarles análisis de algunas propiedades físicas y químicas. La evaluación de los resultados se realizó en función de los métodos analíticos empleados.

Las variables evaluadas y los métodos de determinación ejecutados en el IDIAP fueron: textura, por el método de Bouyoucos, pH en agua en una relación 1:2,5 por potenciometría. Los porcentajes de C y de la materia orgánica (MO) por Walkley-Black. El contenido de N se calculó a partir de multiplicar el porcentaje de la MO por 0,05. Las reservas de carbono orgánico del suelo se calcularon por la siguiente ecuación (1010. Mesías-Gallo FW, Hernández-Jiménez A, Vera-Macías LR, Guzmán-Cedeño ÁM, Cedeño-Sacón ÁF, Ormaza-Cedeño KP, et al. Reservas de carbono orgánico en suelos de la llanura fluvial Calceta-Tosagua, Manabí, Ecuador. Cultivos Tropicales [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];39(4):27-33. Available from: https://ediciones.inca.edu.cu/index.php/ediciones/article/view/1477 ):

C O S   =   C O   ×   D a   ×   m
 

donde:

COS= carbono orgánico total en el suelo por superficie (Mg C ha -1)

CO= carbono orgánico total (%)

Da = densidad aparente (Mg m -1)

m = profundidad del suelo (cm)

La extracción de P, K, Mn, Fe, Zn y Cu se realizó por medio de la solución extractora de Mehlich-1 y determinados por medio de absorción atómica. Para la extracción de Ca, Mg y Al fue utilizado cloruro de potasio 1N, el Ca y Mg se determinaron por medio de absorción atómica y el Al mediante titulación con NaOH 0,01 N (1111. Villarreal-Núñez JE, Name-Tuñón B, García-Espino RA. Monitoreo de cambios en la fertilidad de suelos por medio de análisis de laboratorio. Agronomía Mesoamericana [Internet]. 2012 [cited 24/08/2021];23(2):301-9. Available from: http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1659-13212012000200009&lng=en&nrm=iso ).

Las relaciones internutrientes se establecieron por cálculo a partir de los contenidos de los mismos en la solución del suelo. El porcentaje de saturación por bases se calculó a partir de la Capacidad de Intercambio de bases dividida por la Capacidad de Intercambio Catiónica y multiplicado por 100. La Capacidad de Intercambio Catiónico efectiva (CICe) se calculó a partir de la sumatoria de los cationes y de la acidez cambiable. El porcentaje de saturación por aluminio se calculó a partir del aluminio existente en el suelo dividido por la CICe (1212. Chávez AR. Comparación de dos métodos de determinación de la capacidad de intercambio catiónico en suelos de la región central de Honduras. Zamorano: Escuela Agrícola Panamericana, 2015. [Internet]. 2015; Available from: https://bdigital.zamorano.edu/handle/11036/4564 ).

Para realizar el análisis microbiológico del suelo se realizó un muestreo simple aleatorio en todo el terreno, tomando 14 muestras conformadas por cinco submuestras cada una, en la profundidad de 0-20 cm. Después de la correspondiente identificación, fueron congeladas a -18 ºC y con posterioridad fueron trasladadas en una nevera portátil para su procesamiento en el Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT).

Se realizó la extracción de ADN genómico total (ADNg) de las muestras de suelo, utilizando el juego de reactivos DNeasy PowerSoil Pro (QIAGEN, Hilden, Germany), siguiendo el protocolo del fabricante. Para la construcción de bibliotecas de ADN, se realizaron dos tipos de amplificaciones diferentes para cada muestra usando dos combinaciones de cebadores, una para bacterias y arqueas y otra para hongos. En todos los casos las PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) se hicieron por triplicado en termociclador.

Para el estudio de las bacterias y arqueas presentes en el suelo se utilizaron los cebadores 515F (GTGCCAGCMGCCGCGGTAA) y 806R (GGACTACHVGGGTWTCTAAT) que amplifican la región V4 del ADN ribosomal menor o 16S. Mientras que para el estudio de las comunidades de hongos se emplearon los cebadores ITS1F (CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA) e ITS4A (CGCCGTTACTGGGGCAATCCCTG) que amplifican la región del ADN ribosomal ITS (Espaciadores Internos de Transcripción). Los cebadores contenían adaptadores para la plataforma de secuenciación Illumina MiSeq (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ).

Ambas PCR se ejecutaron bajo las siguientes condiciones: 3 min a 94 °C, 35 ciclos de 45 s a 94 °C, 1 min a 50 °C y 90 s a 72 °C, seguido por una elongación final de 10 min a 72 °C. En todos los casos las mezclas de reacción contenían 1x PCR Buffer, 700 μM de MgCl2, 400 μM de cada dNTP, 500 μM de los cebadores, 0,45x solución Q, 2U de taq ADN polimerasa (QIAGEN) y 10-30 ng de ADNg en 25μL. Los productos de las PCR fueron visualizados mediante electroforesis en geles de agarosa (1,5 %) utilizando como revelador el RedGel y se usó solución amortiguadora de corrida TAE 1x (Tris 40 mmol L-1 (pH 7,8), ácido acético y EDTA). Las corridas se realizaron a 80 voltios por 40 minutos en equipo de electroforesis horizontal. Para corroborar la presencia de los amplicones correctos se utilizó el marcador de peso molecular 1kb plus DNA Ladder (Invitrogen).

Posteriormente se realizó una segunda PCR en todos los casos para adicionar índices (SA5F y SA7R) a las secuencias (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ). Las condiciones utilizadas fueron: 3 min a 94 °C, 6 ciclos de 45 s a 94 °C, 1 min a 50 °C y 90 s a 72 °C, seguido por una elongación final de 10 min a 72 °C. Las mezclas de reacción contenían 1x PCR Buffer, 1,5 mM de MgCl2, 800 μM de cada dNTP, 200 nM de los índices, 1,25 U de taq ADN polimerasa (QIAGEN) y 2 μL del pool de PCR1 en 25 μL. Una vez comprobada la presencia de los amplicones correctos realizando electroforesis según se describió previamente, se procedió a la purificación de la biblioteca de ADN con el juego de reactivos SequalPrep™ Normalization Plate, según instrucciones del fabricante. La concentración de ADN se cuantificó usando el juego de reactivos Qubit® dsDNA BR Assay (Life Technologies), obteniéndose una concentración aproximada de 10 ng/μl. Para determinar el tamaño, la pureza y la concentración de la biblioteca obtenida se utilizó un Bioanalizador (Agilent 2100 Bioanalyzer). Por último, las muestras fueron mezcladas en cantidades equimolares y secuenciadas en la plataforma Illumina MiSeq (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ).

Las secuencias obtenidas se sometieron a análisis bioinformático de acuerdo a lo descrito previamente (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ), para lo cual se definió una similitud entre las mismas del 97 % y se utilizó el paquete QIIME. A los OTU (unidades taxonómicas operacionales) se les asignó una identidad taxonómica al confrontar secuencias representativas de cada uno contra la base de datos del NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológica de los Estados Unidos) mediante el BLAST. Las identidades obtenidas se utilizaron para determinar la distribución de las secuencias entre los principales filos de bacterias, arqueas y de hongos.

Resultados y discusión

 

Descripción del perfil de suelo (Tabla 1)

 

Clasificación

 

Cuba: Gleysol Vértico crómico sin carbonatos (66. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. Clasificación Genética de Los Suelos de Cuba. Nueva Versión. 1st edicion. Vol. 40. EDICIONES INCA; 2015. 93 p.). WRB 2014: Gleysol vértico, éutrico (77. WRB IWG. World reference base for soil resources 2014 International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. FAO [Internet]. 2015; Available from: https://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/handle/JRC91947 ). Soil Taxonomy: Vertic Endoaquept (88. USDA, Departamento de Agricultura de los Estados Unidos Servicio de Conservación de Recursos Naturales. Claves para la taxonomía de suelos [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021]. 410 p. Available from: https://www.nrcs.usda.gov/sites/default/files/2022-10/Spanish-Keys-to-Soil-Taxonomy.pdf )

Diagnósticos

 

Procesos de formación: Vertisolización y Gleyzación. Horizonte diagnóstico: Horizonte vértico. Características de diagnóstico: Propiedades gléyicas a menos de 50 cm de profundidad y propiedades vérticas

Localización

 

Ubicación: En Yaviza, al sur de la Carretera Panamericana. Municipio: Pinogana. Provincia: Darién. País: Panamá

Altura (m s.n.m.): 31 m. Coordenadas geográficas: Lat N 8,203 Long W -77,74

Factores de formación

 
  1. Forma del terreno: alomado
    • 1.1 Posición fisiográfica del lugar (posición dentro del relieve): mitad de la pendiente

    • 1.2 Topografía del terreno circundante (a 1 km del lugar de la calicata): alomado

  2. Pendiente donde se toma el perfil: ≈7°

  3. Vegetación o uso de la tierra: en preparación (laboreo), antes pasto natural (Paspalum virgatum L.) que fue quemado con fuego.

  4. Clima: Tropical subhúmedo (Aw)

  5. Material de origen: sedimentario

  6. Tiempo: Cuaternario

  7. Drenaje interno: malo

  8. Drenaje superficial: regular

Tabla 1.  Descripción del perfil del suelo y horizontes identificados.
Horizonte Profundidad (cm) Descripción
A1(v) 0-22 Textura arcillosa de color 2,5Y5/1 gris amarillento, estructura de bloques prismáticos, buena, consistente, húmedo. Presencia de caras de deslizamiento. Raíces abundantes. No hay piedras u otras inclusiones. Presencia de hormigas y arañas pequeñas. Sin reacción al ácido. Transición gradual. Presencia de grietas que se extienden en la profundidad de los demás horizontes.
A2(v) 22-36 Textura arcillosa de color 2,5Y5/4 gris amarillento, estructura de bloques prismáticos, buena, consistente, húmedo. Presencia de caras de deslizamiento. Abundantes raíces y hormigas, sin reacción al ácido, transición brusca.
C1g 36-59 Textura arcillosa de color 2,5Y7/6 amarillento, estructura poliédrica media, masiva, húmeda, consistente. Presencia de caras de deslizamiento. Presencia de raíces finas, manchas de color 2,5Y7/1 gris claro, sin reacción al ácido. Transición gradual.
C2g 59-112 Textura arcillosa de color 5Y7/6 amarillo, estructura poliédrica grande, masiva, consistente, húmedo. Presencia de caras de deslizamiento. Presencia de algunas raíces muy finas, manchas de color N7/0 blanco grisáceo sin reacción al ácido.

El tipo de arcilla predominante, identificada por observación visual, es el grupo 2:1, grupo de la montmorillonita. Las características que permitieron identificar la presencia de la arcilla fue la estructura de bloques (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ), la alta retención de humedad, la elevada plasticidad, la presencia de caras de deslizamiento y la presencia de grietas en todo el terreno, producto de la contracción que de forma natural se presenta en estas arcillas en el período poco lluvioso (1515. Socarrás Armenteros Y, Hernández Jiménez A, Terry Alfonso E, González Cañizares PJ, Sánchez Iznaga ÁL, Delgado Cabrera O, et al. Cambios en las propiedades morfológicas de suelos pardos sialíticos sometidos a diferentes manejos agrícolas en Cuba. Idesia (Arica) [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];37(3):47-53. https://doi.org/10.4067/S0718-34292019000300047 ). Este tipo de arcilla tiene una alta retención de humedad, que se manifiesta por las propiedades gléyicas detectadas a menos de 50 cm de profundidad, por lo que se puede considerar al mal drenaje interno y a la alta retención de humedad, como posibles factores limitantes de la producción.

Estudio de algunas propiedades físicas y químicas

 

En la Tabla 2 se presentan los principales resultados analíticos realizados al perfil de suelo. Al analizar la composición mecánica se observó un aumento del contenido de arcilla con la profundidad del perfil, transitando la clasificación textural de franco arcilloso a arcilloso.

Tabla 2.  Algunas propiedades físicas, composición mecánica, materia orgánica y reservas de carbono orgánico del suelo de los cuatro horizontes identificados en el perfil.
Horizonte/Profundidad (cm) Arena (%) Limo Arcilla Clasificación textural HN (%) Da (Mg kg-3) MO (%) N C COS
(Mg C ha-1)
A1(v)/0-22 36 28 36 Franco arcilloso 34,35 0,90 1,14 0,06 0,66 13,14
A2(v)/22-36 32 24 44 Arcilloso 37,22 1,12 0,21 0,01 0,12 1,92
C1g/36-59 20 24 56 Arcilloso 43,69 0,98 0,04 0,00 0,02 0,52
C2g/59-112 8 20 72 Arcilloso 38,35 1,01 0,00

HN: humedad natural. Da: densidad aparente. MO: materia orgánica. COS: reservas de carbono orgánico

Respecto a este resultado, durante el proceso de gleyzación se produce un cambio muy fuerte en la composición y en las propiedades de la parte mineral del suelo, pues es afectada por diferentes transformaciones complejas, se realiza la destrucción de los minerales primarios y secundarios y al mismo tiempo ocurre la síntesis de minerales secundarios de neoformación (arcillas); o sea, durante el proceso de gleyzación, hay formación de arcillas; por eso, en la mayoría de los casos, el horizonte gleyzado tiene una composición mecánica más arcillosa que los que no lo son (1616. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. La clasificación de suelos de Cuba: énfasis en la versión de 2015. Cultivos Tropicales [Internet]. 2019;40(1). Available from: http://scielo.sld.cu/scielo.php?pid=S0258-59362019000100015&script=sci_arttext&tlng=pt).

La humedad natural osciló entre 34 y 43 %, lo que es un rango adecuado, si se toma en cuenta que los muestreos se realizaron al final del período poco lluvioso. Esta elevada humedad está en correspondencia con el tipo de suelo (Gleysol vértico), con presencia de arcillas del grupo de la montmorillonita, con una alta retención de humedad (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ).

La densidad aparente fue baja a lo largo de todo el perfil, por lo que se puede plantear que el suelo no presentaba compactación. Este resultado se corresponde con la presencia de pastos naturales. La cantidad de raíces de plantas como Paspalum virgatum y la profundidad a la que llegan durante su crecimiento, provocan una buena agregación del suelo, porosidad y baja densidad aparente, lo cual crea excelentes condiciones físicas para el desarrollo de los cultivos (1717. Bryk M, Kołodziej B, Słowińska-Jurkiewicz A, Jaroszuk-Sierocińska M. Evaluation of soil structure and physical properties influenced by weather conditions during autumn-winter-spring season. Soil and Tillage Research [Internet]. 2017;170:66-76. Available from: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167198717300545). La densidad aparente y el crecimiento de las raíces tienen una correlación alta y positiva (1818. Calderón-Medina CL, Bautista-Mantilla GP, Rojas-González S. Propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo, indicadores del estado de diferentes ecosistemas en una terraza alta del departamento del Meta. Orinoquia [Internet]. 2018;22(2):141-57. Available from: https://www.redalyc.org/jatsRepo/896/89660465002/89660465002.pdf); o sea, con una densidad aparente baja no hay impedimento del crecimiento de raíces en el perfil, aspecto que fue observado en la descripción de este perfil de suelo, en el que se encontró presencia de raíces incluso en la mayor profundidad (59-112 cm). Además, los suelos con cobertura de vegetación o aquellos que no han sido sometidos a altas presiones de laboreo tienen bajos los valores de densidad de volumen o densidad aparente (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ).

Los valores de materia orgánica y los porcentajes de C y N fueron bajos en todo el perfil. El porcentaje de C en el primer horizonte es inferior al reportado anteriormente (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ), por debajo del cual se considera que el suelo está degradado. Es posible que estos bajos valores se deban a que antes de la toma de muestras, el lugar fue quemado con fuego y posteriormente se comenzaron las labores de aradura para efectuar el laboreo del suelo y se ha demostrado que las labores de quema y aradura convencional del suelo con inversión del prisma, tienden a disminuir los contenidos de materia orgánica y las reservas de carbono en el perfil (1010. Mesías-Gallo FW, Hernández-Jiménez A, Vera-Macías LR, Guzmán-Cedeño ÁM, Cedeño-Sacón ÁF, Ormaza-Cedeño KP, et al. Reservas de carbono orgánico en suelos de la llanura fluvial Calceta-Tosagua, Manabí, Ecuador. Cultivos Tropicales [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];39(4):27-33. Available from: https://ediciones.inca.edu.cu/index.php/ediciones/article/view/1477 ).

El fuego cambia la dinámica del ciclo del C en el suelo, alterando propiedades físicas, químicas y biológicas, de esa manera, disminuyen los contenidos y la composición de la materia orgánica y la disponibilidad de N y P, al menos en los primeros meses posteriores al fuego (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ).

En la Tabla 3 se observan las variables químicas evaluadas en el perfil de suelo. El pH se clasificó como ácido en todo el perfil, excepto en la profundidad de 22-36 cm que se clasificó como ligeramente ácido. Los contenidos de Ca y Mg fueron altos en toda la profundidad, mientras que el P fue bajo. Sin embargo, el K fue medio en las profundidades de 0-22 cm y 36-59 cm, mientras que en las otras fue bajo. El porcentaje de saturación por bases fue alto en todo el perfil y la capacidad de intercambio catiónica efectiva fue alta en las profundidades de 0-22 cm y 59-112 cm y medio en las restantes.

Tabla 3.  Principales propiedades químicas de los cuatro horizontes identificados en el perfil.
Horizonte/Profundidad pH Ca Mg K P Saturación de bases CICe
(cm) (H2O) (cmolc kg-1) (mg L-1) (%) (cmolc kg-1)
A1(v)/0-22 5,90 34,00 6,50 61,30 1,00 99,75 40,76
A2(v)/22-36 6,30 27,90 7,40 38,20 1,00 99,72 35,50
C1g/36-59 5,40 22,40 9,50 46,60 0,00 92,49 34,62
C2g/59-112 5,80 37,20 17,20 30,60 0,00 98,73 55,18

CICe: Capacidad de intercambio catiónico efectiva

Es de destacar que los valores de pH se encontraban en el rango aceptable para la mayoría de los cultivos (entre 5,6 y 8,4). En este contexto, la evaluación del pH del suelo suele ser crucial, pues se asocia a la disponibilidad de nutrientes para las plantas y a la toxicidad por aluminio en la solución del suelo (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ). En otros estudios de caracterización de suelos se ha planteado que los suelos ácidos presentan contenidos de bases intercambiables medios a bajos, P aprovechable bajo, saturación de Al de media a alta y CIC media y, generalmente, suelen tener limitada la solubilidad del Ca, Mg y K (1818. Calderón-Medina CL, Bautista-Mantilla GP, Rojas-González S. Propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo, indicadores del estado de diferentes ecosistemas en una terraza alta del departamento del Meta. Orinoquia [Internet]. 2018;22(2):141-57. Available from: https://www.redalyc.org/jatsRepo/896/89660465002/89660465002.pdf); sin embargo, en la Finca “El Mamey” no ocurrió este comportamiento. Es posible que la elevada disponibilidad de Ca y Mg se deba a los procesos y factores de formación que han incidido en esta área. Es conocido que las arcillas 2:1, grupo de la montmorillonita producen capacidad de intercambio catiónico alta, lo cual está de acuerdo con los resultados del análisis químico hecho para este suelo, notándose un alto contenido de cationes intercambiables y, además, es elevado el porcentaje de saturación por bases (1515. Socarrás Armenteros Y, Hernández Jiménez A, Terry Alfonso E, González Cañizares PJ, Sánchez Iznaga ÁL, Delgado Cabrera O, et al. Cambios en las propiedades morfológicas de suelos pardos sialíticos sometidos a diferentes manejos agrícolas en Cuba. Idesia (Arica) [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];37(3):47-53. https://doi.org/10.4067/S0718-34292019000300047 ,2121. Bossi J, Celio A, Mármol S. Formación Libertad: su reformulación. Agrociencia (Uruguay) [Internet]. 2016 [cited 24/08/2021];20(1):36-44. Available from: http://www.scielo.edu.uy/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2301-15482016000100006 ,2222. Solís FAM, Tejeira R. Determinación mineralógica de la fracción arcilla en suelos de importancia agrícolas de la República de Panamá. Investigaciones agropecuarias [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];2(1):34-48. Available from: https://revistas.up.ac.pa/index.php/investigaciones_agropecuarias/article/view/1064 ).

En la Tabla 4 se observan las relaciones internutrientes calculadas para los diferentes horizontes identificados en el perfil de suelo. La relación Ca/Mg fue normal en todas las profundidades; sin embargo, las relaciones Ca/K; (Ca+Mg)/K; K/Mg y Mg/K estuvieron fuera de rango. Por su parte, la relación K/CICe fue baja, pero las relaciones Mg/CICe y Ca/CICe fueron altas. Esto quiere decir que, aunque la absorción de Ca y Mg por las plantas en este suelo debe ser adecuada, estos elementos deben estar bloqueando la absorción de K y, a su vez, este último elemento no debe ser predominante en la solución del suelo.

Tabla 4.  Relaciones internutrientes de los cuatro horizontes identificados en el perfil.
Horizonte/ Profundidad (cm) Ca/Mg Ca/K (Ca+Mg)/K K/Mg Mg/K K/CICe Mg/CICe Ca/CICe
A1(v)/0-22 5,23 216,56 257,96 0,02 41,40 0,39 15,95 83,42
A2(v)/22-36 3,77 284,69 360,20 0,01 75,51 0,28 20,85 78,60
C1g/36-59 2,36 188,24 268,07 0,01 79,83 0,34 27,44 64,70
C2g/59-112 2,16 476,92 679,44 0,00 220,51 0,14 31,17 67,42

CICe: Capacidad de intercambio catiónico efectiva

Este comportamiento indica que no se está cumpliendo la ley del equilibrio internutrientes en el suelo y que se hace necesario corregir este desequilibrio si se quiere lograr una adecuada nutrición de las plantas. Además, se manifiesta el predominio de los cationes Ca2+ y Mg 2+ en el complejo de cambio, lo cual es común en suelos con arcilla montmorillonita (2121. Bossi J, Celio A, Mármol S. Formación Libertad: su reformulación. Agrociencia (Uruguay) [Internet]. 2016 [cited 24/08/2021];20(1):36-44. Available from: http://www.scielo.edu.uy/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2301-15482016000100006 ,2323. Del Carmen Blanco M, LETISIA DÍAZ S, MABEL AMIOTTI N. GEODISPONIBILIDAD DE Co, Cr, Fe, Mo, Ni y Zn EN LA CUENCA A° EL DIVISORIO. Ciencia del suelo [Internet]. 2017;35(1). Available from: https://ojs.suelos.org.ar/index.php/cds/article/view/258 ).

En la Tabla 5 se presentan la concentración de microelementos y Al cambiables presentes en el perfil del suelo. Las concentraciones de Mn y Zn fueron medias en el primer horizonte y bajas en el resto. El Fe fue bajo en todo el horizonte y el Cu bajo en la primera profundidad y media en el resto. El contenido de Al cambiable fue bajo desde 0 a 36 cm de profundidad, alto de 36 a 59 cm y medio desde los 59 y hasta los 112 cm. La saturación al Al fue baja en todo el perfil.

Tabla 5.  Concentración de micronutrientes y aluminio cambiable de los cuatro horizontes identificados en el perfil.
Horizonte/Profundidad Mn Fe Zn Cu Al Saturación al Al
(cm) (mg L-1) (cmolc kg-1) (%)
A1(v)/0-22 37,20 14,20 7,00 1,90 0,10 0,25
A2(v)/22-36 7,70 7,80 1,70 2,10 0,10 0,28
C1g/36-59 7,50 11,40 1,20 3,20 2,60 7,51
C2g/59-112 6,70 13,40 1,00 2,70 0,70 1,27

Es importante señalar que las concentraciones naturales de microelementos en el suelo dependen, fundamentalmente, del material de origen, los procesos de formación y la composición y proporción de los componentes en la fase sólida. Otros factores son el porcentaje y tipo de arcilla, contenido de materia orgánica y propiedades físico-químicas (2424. Martínez Robaina A, González JM, Sobrinho N, ODIO M. Concentraciones y disponibilidad de metales pesados en suelos destinados al cultivo del tabaco localizados en la llanura sur de Pinar del Río-Cuba. 2020. https://doi.org/10.29327/ivsimposioabc.238141 ). Coincidiendo con estos autores se ha planteado que en suelos con capacidad de intercambio catiónico elevada y con presencia de arcillas del grupo de la montmorillonita, es mayor la cantidad de los microelementos Fe, Zn y Cu, que pueden estar presentes en el suelo (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ).

Además, el pH ha sido una de las propiedades del suelo más estudiadas, en relación con la disponibilidad de microelementos, encontrándose que las concentraciones aumentan, a medida que el pH se hace más ácido (2323. Del Carmen Blanco M, LETISIA DÍAZ S, MABEL AMIOTTI N. GEODISPONIBILIDAD DE Co, Cr, Fe, Mo, Ni y Zn EN LA CUENCA A° EL DIVISORIO. Ciencia del suelo [Internet]. 2017;35(1). Available from: https://ojs.suelos.org.ar/index.php/cds/article/view/258 ,2525. Huang J, Yuan F, Zeng G, Li X, Gu Y, Shi L, et al. Influence of pH on heavy metal speciation and removal from wastewater using micellar-enhanced ultrafiltration. Chemosphere [Internet]. 2017 [cited 24/08/2021];173:199-206. https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2016.12.137 ). Otro factor que pudo incidir en encontrar estos niveles de microelementos fue la quema del terreno antes de la toma de las muestras de suelo, pues se ha demostrado que el fuego aumenta la disponibilidad de micronutrientes en el suelo (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ).

A pesar de lo anterior, se puede considerar que las concentraciones de los microelementos y el Al encontrados en el suelo no representan niveles de fitotoxicidad para los cultivos a establecerse; no obstante, es necesario mantener un monitoreo de los mismos, cuidando que no se incrementen sus concentraciones hasta niveles por encima de los permisibles a nivel internacional.

Propiedades microbiológicas

 

En la Figura 1 se observa la abundancia relativa de filos de Bacterias y Arqueas encontradas en el suelo de la finca “El Mamey”. Los más abundantes fueron los filos Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes y Acidobacteria, todos del dominio Bacteria. Los demás filos encontrados de los dominios Bacteria y Arquea presentaron una abundancia relativa menor.

Figura 1.  Abundancia relativa de filos de Bacterias y Arqueas en la finca El Mamey.

En la Figura 2 se observa la abundancia relativa de filos de hongos encontrados en los primeros 20 cm del suelo de la finca en estudio. En todas las muestras se observó el predominio del filo Ascomycota, seguido de Basidiomycota y Rozellomycota.

Figura 2.  Abundancia relativa de filos de hongos en el suelo (0-20 cm) de la finca “El Mamey”.

Respecto a este resultado, aunque los estudios de metagenómica revelan la enorme diversidad de microorganismos en el suelo y la heterogeneidad de su distribución, la mayoría de las secuencias encontradas pertenecen a unos pocos filos dominantes, encontrándose un gran número de filos con cantidades muy bajas de secuencias, ya fueran de los dominios Bacterias y Arqueas o el Reino Hongos. Es de destacar; además, la gran diversidad de filos de Bacterias encontrados respecto a la de los hongos y la baja abundancia relativa del filo Glomeromycota.

En particular, los cebadores utilizados para estudiar las bacterias y arqueas fueron diseñados y empleados satisfactoriamente para trabajos realizados con muestras de diferente procedencia, como heces, suelo, agua, sedimento marino, entre otros, en las que se constató la presencia de una elevada diversidad, tanto α como β de órdenes y géneros de los grupos pesquisados (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ,2626. Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA, Turnbaugh PJ, et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proceedings of the National Academy of Sciences [Internet]. 2011 [cited 24/08/2021];108(Supplement 1):4516-22. https://doi.org/10.1073/pnas.1000080107 ).

En cambio, el análisis de las poblaciones de hongos presentes en los suelos es más complicado. Varios estudios han reportado diferencias en los resultados en cuanto a la proporción de los distintos grupos fúngicos, a nivel de filo, orden, género y especie, dependientes del uso de diversas combinaciones de cebadores e incluso a la región secuenciada (2727. Lumini E, Orgiazzi A, Borriello R, Bonfante P, Bianciotto V. Disclosing arbuscular mycorrhizal fungal biodiversity in soil through a land-use gradient using a pyrosequencing approach. Environmental Microbiology [Internet]. 2010 [cited 24/08/2021];12(8):2165-79. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2009.02099.x -3030. Berruti A, Desirò A, Visentin S, Zecca O, Bonfante P, et al. ITS fungal barcoding primers versus 18S AMF-specific primers reveal similar AMF-based diversity patterns in roots and soils of three mountain vineyards. Environmental Microbiology Reports [Internet]. 2017 [cited 24/08/2021];9(5):658-67. https://doi.org/10.1111/1758-2229.12574 ).

De hecho, se ha señalado que el cebador usado aquí para su estudio ITS4A amplifica preferencialmente los ascomicetos (3131. Larena I, Salazar O, González V, Julián MC, Rubio V. Design of a primer for ribosomal DNA internal transcribed spacer with enhanced specificity for ascomycetes. Journal of Biotechnology [Internet]. 1999 [cited 24/08/2021];75(2):187-94. https://doi.org/10.1016/S0168-1656(99)00154-6 ,3232. Nikolcheva LG, Bärlocher F. Taxon-specific fungal primers reveal unexpectedly high diversity during leaf decomposition in a stream. Mycological Progress [Internet]. 2004 [cited 24/08/2021];3(1):41-9. https://doi.org/10.1007/s11557-006-0075-y ), lo cual concuerda con los resultados, siendo el grupo más abundante. Otro ejemplo lo constituye el estudio realizado en fincas de olivo (Olea europeae L.) con el uso de cebadores que amplifican hongos Glomeromycota, donde contradictoriamente se reportó un 89,8 % de secuencias pertenecientes a organismos de naturaleza no fúngica (3333. Montes-Borrego M, Metsis M, Landa BB. Arbuscular Mycorhizal Fungi Associated with the Olive Crop across the Andalusian Landscape: Factors Driving Community Differentiation. PLOS ONE [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021];9(5):e96397. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096397 ).

Respecto a las variaciones de las poblaciones de microorganismos entre las muestras, estas dependen directamente de la disponibilidad de nutrientes en el suelo, que emplean como sustrato y esta disponibilidad no suele ser uniforme en el espacio ni en el tiempo. La diversidad de plantas aumenta la diversidad taxonómica y funcional de la comunidad de microorganismos del suelo. Esto se debe a que diferentes plantas generan diferentes residuos orgánicos, lo que resulta en una base alimentaria diversificada (3434. Dias L a. F, Lopes I de ON, Cattelan AJ, Debiasi H, Sibaldelli RNR, Kosinsk CL, et al. Sistemas de cultivo utilizados na cultura da soja e efeito sobre a comunidade microbiana do solo. 2018 [cited 24/08/2021]; Available from: https://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/bitstream/doc/1100651/1/BOLETIMPD16.pdf ). En este caso, aunque anteriormente el suelo estaba cubierto de una especie de pasto, esta no era la única planta presente en el sitio antes del fuego y la posterior preparación del terreno.

En relación a este tipo de manejo, fuego antes de la preparación del terreno, otros autores ya han señalado que el fuego tiene influencia directa e indirecta, a corto y largo plazo, sobre la biomasa de los microorganismos del suelo y sus servicios ecosistémicos. La afectación directa se debe a que las altas temperaturas causan mortalidad y las afectaciones indirectas están relacionadas en los cambios en las propiedades del suelo: calidad del sustrato, concentración de nutrientes y humedad del mismo. Respecto a las poblaciones fúngicas, el fuego estimula las poblaciones de hongos del filo Ascomycota y disminuye hasta en un 14 % la riqueza de especies de HMA (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ).

No obstante, los resultados de este trabajo, es necesario señalar que la abundancia relativa es una categoría de la diversidad de especies y pretende incluir la riqueza de especies y la uniformidad de su distribución en una expresión sencilla y que la mayor abundancia de morfotipos y géneros corresponde a estudios realizados en ecosistemas naturales, lo cual indica mayor diversidad de microorganismos en comparación con los agroecosistemas (3434. Dias L a. F, Lopes I de ON, Cattelan AJ, Debiasi H, Sibaldelli RNR, Kosinsk CL, et al. Sistemas de cultivo utilizados na cultura da soja e efeito sobre a comunidade microbiana do solo. 2018 [cited 24/08/2021]; Available from: https://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/bitstream/doc/1100651/1/BOLETIMPD16.pdf ,3535. Furrazola E, Torres-Arias Y, Hernández-Prado R, Coronill YG. Hongos micorrizógenos arbusculares (Glomeromycota) en suelos agrícolas de la provincia Artemisa, Cuba. Acta Botánica Cubana [Internet]. 2019;218(1):34-43. Available from: https://www.researchgate.net/publication/333457170_Hongos_micorrizogenos_arbusculares_Glomeromycota_en_el_bosque_de_cienaga_El_Embarcadero_en_la_provincia_Mayabeque_Cuba_Arbuscular_mycorrhizal_fungi_Glomeromycota_in_the_swamp_forest_El_Embarcadero_in ). Al respecto, las comunidades microbianas de bosques protegidos son diferentes de los parches de monte adyacentes a los campos productivos y estos microbiomas se van modificando a lo largo de los años de uso agrícola. Esta modificación no ocurre a nivel de una pérdida de diversidad, sino a través de la modificación de las abundancias relativas de varios grupos microbianos, especialmente los menos numerosos (33. Soria MA. ¿ Por qué son importantes los microorganismos del suelo para la agricultura? Química Viva [Internet]. 2016;15(2):3-10. Available from: http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/v15n2/E0037.pdf ).

Sin embargo, a pesar de la cantidad de información que generan las metodologías de secuenciación masiva de ADN, para entender el funcionamiento y la dinámica de los sistemas microbianos, las técnicas nuevas se deben complementar con otras determinaciones físico-químicas más tradicionales y con técnicas microbiológicas que sirven para evaluar los cambios funcionales para entender el comportamiento de la comunidad microbiana en relación a los factores bióticos y abióticos de su ambiente (33. Soria MA. ¿ Por qué son importantes los microorganismos del suelo para la agricultura? Química Viva [Internet]. 2016;15(2):3-10. Available from: http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/v15n2/E0037.pdf ).

Conclusiones

 
  • Los resultados indican que es un suelo conservado, en el que las principales limitantes para su uso agrícola son la alta retención de humedad, el bajo contenido de materia orgánica y el desequilibrio en casi todas las relaciones internutrientes evaluadas.

  • Es posible proceder a realizar las labores agrícolas, siempre y cuando se realicen las correcciones necesarias para lograr la adecuada nutrición de las plantas.

  • Es necesario continuar el chequeo en el tiempo de las propiedades estudiadas, debido a que el mantenimiento de las propiedades físicas, químicas y biológicas de un suelo, son aspectos relevantes para evitar la degradación y la erosión del mismo, al ser transformado de un área bajo pastoreo a un área destinada a cultivos agrícolas.

Agradecimientos

 

Se agradece al Sistema Nacional de Investigación de Panamá (SNI-SENACYT) por el apoyo para la obtención de los datos de la composición de comunidades de microorganismos presentados.

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Cultivos Tropicales Vol. 42, No. 4, octubre-diciembre 2021, ISSN: 1819-4087
 
Original article

Some physical, chemical and microbiological properties of an agricultural soil in Darien, Republic of Panama

 

iDAquile Álvarez-González1Universidad de Panamá, Centro Regional Universitario de Darién, CRUD, Corregimiento de Metetí, Distrito de Pinogana, Comunidad de Villa Darién, Estafeta Universitaria Apartado 3366, Panamá.

iDGloria M. Martín-Alonso2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.*✉:gloriamartin73@gmail.com

iDLuis C. Mejía-Franco3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

iDEvangelina López-Vdovenko3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

iDYakelin Rodríguez-Yon2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.


1Universidad de Panamá, Centro Regional Universitario de Darién, CRUD, Corregimiento de Metetí, Distrito de Pinogana, Comunidad de Villa Darién, Estafeta Universitaria Apartado 3366, Panamá.

2Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), carretera San José-Tapaste, km 3½, Gaveta Postal 1, San José de las Lajas, Mayabeque, Cuba. CP 32 700.

3Centro de Biodiversidad y Descubrimiento de Drogas, Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT), Apartado Postal 0843-01103. Edificio 219, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá.

 

*Author for correspondence: gloriamartin73@gmail.com

Abstract

For any study of soils it is always necessary a previous profile description, in which one observes their morphology and they are presented a series of estates that they are the result of the soil and the antropogenic influence formation. Taking in consideration this premise, it was carried out the soil profile description in a farm of Yaviza, Panama, and to determine some of their physical, chemical and microbiological properties. The soil was classified as Vertic Gleysol, due to the found diagnosis characteristics: gleyic properties to less than 50 cm of depth and vertic properties, the soil have clayey texture, it was not compacted and the content of organic matter and the organic carbon reserve of the soil were low. The pH was acid in the whole profile, however, the effective capacity of cationic exchange oscillated between high and half, with prevalence of the ions Ca2+ and Mg2+ and a high saturation percentage of bases. Except the relationship Ca/Mg that was normal, the other ones internutrients relate were outside of range. Microelement concentrations and changeable aluminum were low in the whole profile. When analyzing the relative abundance of microorganisms it was found that the most abundant phylum were Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes and Acidobacteria, all of the domain Bacteria and of the Kingdom Fungi the prevalence of the phylum Ascomycota was observed, followed by Basidiomycota and Rozellomycota. It is necessary to correct the imbalance between the nutrients and check the evolution of these estates during the agricultural exploitation of the area in study.

Key words: 
Gleysol, morphological characteristics, fertility, soil microorganisms

Introduction

 

Soil is an important natural resource with great influence on the environment and the economy. To a large extent, the survival and well-being of the present population and future generations depend on it (11. Serrano-Montero DO, González-Paneque OS, de la Rosa-Andino AA, Aguilera- Corrales Y, Ramírez-Chávez RE. Estrategia de manejo y conservación del suelo en áreas de producción agrícola. Revista Ingeniería Agrícola [Internet]. 2017;7(1):41-8. Available from: https://revistas.unah.edu.cu/index.php/IAgric/article/view/512 ). Soil fertility is considered a determining factor in the availability of nutrients for cultivated plants. It is difficult to understand the nutrition physiology of economic crops without an adequate study of indicators that shape the fertility and nature of soils, especially in tropical regions (22. John-Louis CM, Vantour-Causse A, Tamayo-Sierra AA. Estado de la fertilidad química de los suelos ferralíticos rojos de la granja Los Pinos. Revista Ingeniería Agrícola [Internet]. 2017;7(3):17-22. Available from: https://revistas.unah.edu.cu/index.php/IAgric/article/view/767 ).

However, in soil fertility studies it is indispensable to include analyses related to soil biology because most of the nutrient transformations in the soil are carried out by soil microorganisms. In this regard, several studies have established the importance of soil microbiota and their interactions for nutrient mineralization and plant nutrition (33. Soria MA. ¿ Por qué son importantes los microorganismos del suelo para la agricultura? Química Viva [Internet]. 2016;15(2):3-10. Available from: http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/v15n2/E0037.pdf ).

For any soil study, a previous description of the soil as such is always necessary. On the one hand, it is the first contact with soils that may exist in the study region and, on the other hand, the soil profile is manifested through its morphology, which presents a series of properties that are the result of soil formation and anthropogenic influence, if any (44. Vera Macías L, Jiménez A, Gallo F, Guzmán Cedeño A, Cedeño A. Manual para la cartografía de suelos y la descripción de perfiles de suelos [Internet]. 1st ed. Escuela Superior Politécnica Agropecuaria de Manabí. Calceta, Manabí. Ecuador: Editorial Humus; 2017. 76 p. Available from: https://www.researchgate.net/publication/330968626_MANUAL_PARA_LA_CARTOGRAFIA_DE_SUELOS_Y_LA_DESCRIPCION_DE_PERFILES_DE_SUELOS_Adaptado_a_las_caracteristicas_de_los_suelos_de_la_parte_centro_norte_de_Manabi ). The initial analysis of the physical, chemical and biological properties of a soil is an indispensable step to proceed to a sustainable agricultural management, taking into consideration limiting factors and propitiating a management that preserves, improves and increases both soil properties and agricultural productions without affecting the environment.

Taking into consideration the importance of describing and characterizing any soil with an agricultural use, the present research was carried out with the objective of describing a soil profile and determining some of its physical, chemical and microbiological properties.

Materials and methods

 

For the characterization of some physical, chemical and microbiological properties, a soil was selected from the "El Mamey" farm, located 800 m south of the Pan-American Highway, in Yaviza town, Pinogama district, Darien province, Republic of Panama. This soil was covered with natural grasses, was subjected to fire and was under agricultural tillage for subsequent planting of annual crops.

A visual examination of the soil was made and with the help of shovels, a test pit was opened, approximately in the soil center and in the middle part of the slope. The dimensions of the trench were 1 m by 1 m in length and width and 1.12 m depth. Once the opening was made, the soil was described (4) and colors were established according to the Munsell Table (55. Color (Firm) M. Munsell soil color charts [Internet]. 1992 rev. ed. New York: Macbeth, Division of Kollmorgen Instruments Corp., Munsell Color; 1992. 1 v. (loose-leaf): Available from: https://openlibrary.org/works/OL219096W/Munsell_soil_color_charts ). Soil classification was carried out following the Cuban Soil Classification 2015 (66. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. Clasificación Genética de Los Suelos de Cuba. Nueva Versión. 1st edicion. Vol. 40. EDICIONES INCA; 2015. 93 p.), the World Reference Base (77. WRB IWG. World reference base for soil resources 2014 International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. FAO [Internet]. 2015; Available from: https://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/handle/JRC91947 ) and the Soil Taxonomy (88. USDA, Departamento de Agricultura de los Estados Unidos Servicio de Conservación de Recursos Naturales. Claves para la taxonomía de suelos [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021]. 410 p. Available from: https://www.nrcs.usda.gov/sites/default/files/2022-10/Spanish-Keys-to-Soil-Taxonomy.pdf ).

Subsequently, samples were taken in triplicate at the profile depth to determine the natural humidity, by the gravimetric method and bulk density, by the method of cutting cylinders (99. Hernández JL. Métodos para el análisis físico de los suelos. Manual de laboratorio. Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA). Ediciones INCA. La Habana, Cuba [Internet]. 2007; Available from: https://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/2914254 ). Triplicate samples of approximately 500 g were also taken from each horizon and taken to Instituto de Investigaciones Agropecuarias de Panamá (Panama Agricultural Research Institute) (IDIAP) for analysis of some physical and chemical properties. The results were evaluated according to the analytical methods used.

Variables evaluated and the determination methods used at IDIAP were: texture, by the Bouyoucos method, pH in water in a 1:2.5 ratio by potentiometry. The percentages of C and organic matter (OM) were determined by Walkley-Black. The N content was calculated by multiplying the percentage of OM by 0.05. Soil organic carbon stocks were calculated by the following equation (1010. Mesías-Gallo FW, Hernández-Jiménez A, Vera-Macías LR, Guzmán-Cedeño ÁM, Cedeño-Sacón ÁF, Ormaza-Cedeño KP, et al. Reservas de carbono orgánico en suelos de la llanura fluvial Calceta-Tosagua, Manabí, Ecuador. Cultivos Tropicales [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];39(4):27-33. Available from: https://ediciones.inca.edu.cu/index.php/ediciones/article/view/1477 ):

S O C   =   O C   ×   D a   ×   m
 

where:

SOC= total soil organic carbon per surface area (Mg C ha -1)

OC= total organic carbon (%)

Da = bulk density (Mg m -1)

m = soil depth (cm)

P, K, Mn, Fe, Zn and Cu were extracted using Mehlich-1 extractant solution and determined by atomic absorption. For the Ca, Mg and Al extraction, 1N potassium chloride was used, Ca and Mg were determined by atomic absorption and Al by titration with 0.01 N NaOH (1111. Villarreal-Núñez JE, Name-Tuñón B, García-Espino RA. Monitoreo de cambios en la fertilidad de suelos por medio de análisis de laboratorio. Agronomía Mesoamericana [Internet]. 2012 [cited 24/08/2021];23(2):301-9. Available from: http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1659-13212012000200009&lng=en&nrm=iso ).

The internutrient ratios were established by calculation from contents of these nutrients in the soil solution. The saturation percentage by bases was calculated from the Base Exchange Capacity divided by the Cationic Exchange Capacity and multiplied by 100. The effective Cationic Exchange Capacity (CECe) was calculated from the sum of the cations and the exchangeable acidity. The percentage of aluminum saturation was calculated from the aluminum in the soil divided by the CECe (1212. Chávez AR. Comparación de dos métodos de determinación de la capacidad de intercambio catiónico en suelos de la región central de Honduras. Zamorano: Escuela Agrícola Panamericana, 2015. [Internet]. 2015; Available from: https://bdigital.zamorano.edu/handle/11036/4564 ).

For the microbiological analysis of the soil, a simple random sampling was carried out throughout the field, taking 14 samples, each consisting of five subsamples, at 0-20 cm depth. After the corresponding identification, they were frozen at -18 ºC and then transferred in a portable cooler for processing at the Institute of Scientific Research and High Technology Services (INDICASAT).

Total genomic DNA (gDNA) extraction from soil samples was performed using the DNeasy PowerSoil Pro reagent kit (QIAGEN, Hilden, Germany), following the manufacturer's protocol. For DNA library construction, two different types of amplifications were performed for each sample using two primer combinations, one for bacteria and archaea and one for fungi. In all cases, PCR (Polymerase Chain Reaction) was performed in triplicate in a thermal cycler.

For the study of bacteria and archaea present in the soil, primers 515F (GTGCCAGCMGCCGCGGTAA) and 806R (GGACTACHVGGGGGTWTCTAAT), which amplify the V4 region of the 16S ribosomal DNA, were used. While for the study of fungal communities, primers ITS1F (CTTGGTCTCATTTAGAGGAAGTAA) and ITS4A (CGCCGTTACTGGGGGGGGCAATCCCTG) that amplify the ITS (Internal Transcribed Spacers) region of ribosomal DNA were used. The primers contained adapters for the Illumina MiSeq sequencing platform (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ).

Both PCRs were run under the following conditions: 3 min at 94 °C, 35 cycles of 45 s at 94 °C, 1 min at 50 °C, and 90 s at 72 °C, followed by a final elongation of 10 min at 72 °C. In all cases reaction mixtures contained 1x PCR Buffer, 700 μM of MgCl2, 400 μM of each dNTP, 500 μM of primers, 0.45x Q solution, 2U of taq DNA polymerase (QIAGEN) and 10-30 ng gDNA in 25μL. PCR products were visualized by electrophoresis on agarose gels (1.5 %) using RedGel as developer and 1x TAE run buffer (Tris 40 mmol L-1 (pH 7.8), acetic acid and EDTA) was used. The runs were performed at 80 volts for 40 minutes in horizontal electrophoresis equipment. To corroborate the presence of the correct amplicons, the 1kb plus DNA Ladder molecular weight marker (Invitrogen) was used.

Subsequently, a second PCR was performed in all cases to add indices (SA5F and SA7R) to the sequences (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ). The conditions used were: 3 min at 94 °C, 6 cycles of 45 s at 94 °C, 1 min at 50 °C and 90 s at 72 °C, followed by a final elongation of 10 min at 72 °C. The reaction mixtures contained 1x PCR Buffer, 1.5 mM MgCl2, 800 μM of each dNTP, 200 nM of the indels, 1.25 U of taq DNA polymerase (QIAGEN) and 2 μL of the PCR1 pool in 25 μL. Once the presence of the correct amplicons was verified by performing electrophoresis as previously described, the DNA library was purified using the SequalPrep™ Normalization Plate reagent set according to the manufacturer's instructions. DNA concentration was quantified using the Qubit® dsDNA BR Assay reagent set (Life Technologies), obtaining a concentration of approximately 10 ng/μl. A Bioanalyzer (Agilent 2100 Bioanalyzer) was used to determine the size, purity and concentration of the library obtained. Finally, the samples were mixed in equimolar amounts and sequenced on the Illumina MiSeq platform (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ).

The sequences obtained were subjected to bioinformatic analysis as previously described (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ), for which a similarity of 97 % was defined and the QIIME package was used. The OTUs (operational taxonomic units) were assigned a taxonomic identity by confronting representative sequences of each against the NCBI (National Center for Biotechnology Information of the United States) database using BLAST. The identities obtained were used to determine the distribution of sequences among the major bacterial, archaeal and fungal phyla.

Results and discussion

 

Soil profile description

 

Classification

 

Cuba: Vertic, chromic gleysol without carbonates (66. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. Clasificación Genética de Los Suelos de Cuba. Nueva Versión. 1st edicion. Vol. 40. EDICIONES INCA; 2015. 93 p.). WRB 2014: Vertic, eutrophic Gleysol (77. WRB IWG. World reference base for soil resources 2014 International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. FAO [Internet]. 2015; Available from: https://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/handle/JRC91947 ). Soil Taxonomy: Vertic Endoaquept (88. USDA, Departamento de Agricultura de los Estados Unidos Servicio de Conservación de Recursos Naturales. Claves para la taxonomía de suelos [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021]. 410 p. Available from: https://www.nrcs.usda.gov/sites/default/files/2022-10/Spanish-Keys-to-Soil-Taxonomy.pdf )

Diagnoses

 

Diagnostic horizon: Vertic horizon. Diagnostic characteristics: Gleyic properties at less than 50 cm depth and vertic properties.

Location

 

Location: In Yaviza, south of the Pan-American Highway. Municipality: Pinogana. Province: Darien. Country: Panama

Height (m a.s.l.): 31 m. Geographical coordinates: Lat N 8,203 Long W -77,74

Formation factors

 
  1. Landform: hilly
    • 1.1 Physiographic position of the site (position within the relief): mid-slope

    • 1.2 Topography of the surrounding terrain (within 1 km of the test site): hilly

  2. Slope where profile is taken: ≈7°

  3. Vegetation or land use: in preparation (tillage), formerly natural pasture (Paspalum virgatum L.) that was burned with fire

  4. Climate: Tropical sub-humid (Aw)

  5. Source material: Sedimentary

  6. Time: Quaternary

  7. Internal drainage: poor

  8. Surface drainage: regular

Table 1.  Description of the soil profile and identified horizons.
Horizon Depth (cm) Description
A1(v) 0-22 Clay texture, color 2,5Y5/1 gray yellowish, consistent blocks prismatic structure, wet. With slicken sides. Abundant roots. Without stones and other inclusions. With ants and small spiders. No acid reaction. Gradual transition. Presence of cracks that extend in the depth of the other horizons
A2(v) 22-36 Clay texture, color 2,5Y5/1 gray yellowish, consistent blocks prismatic structure, wet. With slicken sides. Abundant roots and ants. No acid reaction. Abrupt transition
C1g 36-59 Clay texture, color 2,5Y7/6 yellowish, consistent and massive polyedric structure, wet. With slicken sides. Presence of fine roots, color stains 2,5Y7/1 light gray. No acid reaction. Gradual transition.
C2g 59-112 Clay texture, color 5Y7/6 yellow, big, consistent and massive polyedric structure, wet. Presence of some fine roots, color stains N7/0 white grayish. No acid reaction.

The predominant clay type, identified by visual observation, is the 2:1, montmorillonite group. The characteristics that allowed identifying the presence of the clay were the block structure (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ), the high moisture retention, the high plasticity, the presence of sliding faces and the presence of cracks throughout the soil, product of the shrinkage that naturally occurs in these clays in the low rainfall period (1515. Socarrás Armenteros Y, Hernández Jiménez A, Terry Alfonso E, González Cañizares PJ, Sánchez Iznaga ÁL, Delgado Cabrera O, et al. Cambios en las propiedades morfológicas de suelos pardos sialíticos sometidos a diferentes manejos agrícolas en Cuba. Idesia (Arica) [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];37(3):47-53. https://doi.org/10.4067/S0718-34292019000300047 ). This type of clay has a high humidity retention, which is manifested by the gleyic properties detected at a depth of less than 50 cm, so that poor internal drainage and high humidity retention can be considered as possible limiting factors for production.

Study of some physical and chemical properties

 

Table 2 shows the main analytical results of the soil profile. When analyzing the mechanical composition, an increase in clay content was observed with the depth of the profile, moving the textural classification from clay loam to clayey.

Table 2.  Some physical properties, mechanical composition, organic matter and soil organic carbon stocks of the four horizons identified in the profile.
Horizon/ Depth (cm) Sand (%) Loam Clay Textural classification NH (%) Da (Mg kg-3) OM (%) N C SOC
(Mg C ha-1)
A1(v)/0-22 36 28 36 Clay-loam 34.35 0.90 1.14 0.06 0.66 13.14
A2(v)/22-36 32 24 44 Clay 37.22 1.12 0.21 0.01 0.12 1.92
C1g/36-59 20 24 56 Clay 43.69 0.98 0.04 0.00 0.02 0.52
C2g/59-112 8 20 72 Clay 38.35 1.01 0.00

NH: natural humidity. Da: soil density. OM: soil organic matter. SOC: soil organic carbon reserve

With regard to this result, during the gleyzation process there is a very strong change in the composition and properties of the mineral part of the soil, because it is affected by different complex transformations, the destruction of primary and secondary minerals takes place and at the same time the synthesis of secondary minerals of neoformation (clays) occurs; that is, during the process of gleyzation, there is formation of clays; therefore, in most cases, the gleyzed horizon has a more clayey mechanical composition than those that are not (1616. Hernández-Jiménez A, Pérez-Jiménez JM, Bosch-Infante D, Speck NC. La clasificación de suelos de Cuba: énfasis en la versión de 2015. Cultivos Tropicales [Internet]. 2019;40(1). Available from: http://scielo.sld.cu/scielo.php?pid=S0258-59362019000100015&script=sci_arttext&tlng=pt).

The natural humidity ranged between 34 and 43 %, which is an adequate range, if it is taken into account that the samplings were made at the end of the low rainfall period. This high humidity is in correspondence with the type of soil (vertic Gleysol), with the presence of clays of the montmorillonite group, with high humidity retention (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ).

The bulk density was low throughout the profile, so it can be assumed that the soil was not compacted. This result corresponds to the presence of natural grasses. The quantity of roots of plants such as Paspalum virgatum and the depth to which they reach during their growth cause good soil aggregation, porosity and low bulk density, which creates excellent physical conditions for crop development (1717. Bryk M, Kołodziej B, Słowińska-Jurkiewicz A, Jaroszuk-Sierocińska M. Evaluation of soil structure and physical properties influenced by weather conditions during autumn-winter-spring season. Soil and Tillage Research [Internet]. 2017;170:66-76. Available from: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167198717300545). Bulk density and root growth have a high and positive correlation (1818. Calderón-Medina CL, Bautista-Mantilla GP, Rojas-González S. Propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo, indicadores del estado de diferentes ecosistemas en una terraza alta del departamento del Meta. Orinoquia [Internet]. 2018;22(2):141-57. Available from: https://www.redalyc.org/jatsRepo/896/89660465002/89660465002.pdf); that is, with a low bulk density there is no impediment to root growth in the profile, an aspect that was observed in the description of this soil profile, in which the presence of roots was found even at the greatest depth (59-112 cm). In addition, soils with vegetation cover or those that have not been subjected to high tillage pressures have low bulk density or bulk density values (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ).

Organic matter values and C and N percentages were low throughout the profile. The percentage of C in the first horizon is lower than previously reported (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ), below which the soil is considered to be degraded. It is possible that these low values are due to the fact that prior to sampling, the site was burned with fire and later plowing was started to carry out soil tillage and it has been shown that conventional burning and plowing of the soil with prism inversion tends to decrease organic matter contents and carbon stocks in the profile (1010. Mesías-Gallo FW, Hernández-Jiménez A, Vera-Macías LR, Guzmán-Cedeño ÁM, Cedeño-Sacón ÁF, Ormaza-Cedeño KP, et al. Reservas de carbono orgánico en suelos de la llanura fluvial Calceta-Tosagua, Manabí, Ecuador. Cultivos Tropicales [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];39(4):27-33. Available from: https://ediciones.inca.edu.cu/index.php/ediciones/article/view/1477 ).

Fire changes the dynamics of the C cycle in the soil, altering physical, chemical and biological properties, thus reducing the content and composition of organic matter and the availability of N and P, at least in the first months after the fire (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ).

Table 3 shows the chemical variables evaluated in the soil profile. The pH was classified as acid throughout the profile, except in the 22-36 cm depth, which was classified as slightly acidic. Ca and Mg contents were high throughout the depth, while P was low. However, K was medium at the 0-22 cm and 36-59 cm depths, while it was low at the others. Saturation percentage by bases was high throughout the profile and the effective cation exchange capacity was high at the depths of 0-22 cm and 59-112 cm and medium at the remaining depths.

Table 3.  Main chemical properties of four horizons identified in the profile.
Horizon/Depth pH Ca Mg K P Base saturation CECe
(cm) (H2O) (cmolc kg-1) (mg L-1) (%) (cmolc kg-1)
A1(v)/0-22 5.90 34.00 6.50 61.30 1.00 99.75 40.76
A2(v)/22-36 6.30 27.90 7.40 38.20 1.00 99.72 35.50
C1g/36-59 5.40 22.40 9.50 46.60 0.00 92.49 34.62
C2g/59-112 5.80 37.20 17.20 30.60 0.00 98.73 55.18

CECe: Effective Cationic Exchangeable Capacity

It is noteworthy that the pH values were in the acceptable range for most crops (between 5.6 and 8.4). In this context, the evaluation of soil pH is usually crucial, since it is associated with the availability of nutrients for plants and aluminum toxicity in the soil solution (1919. Guzmán G, Cabezas JM, Sánchez-Cuesta R, Lora Á, Bauer T, Strauss P, et al. A field evaluation of the impact of temporary cover crops on soil properties and vegetation communities in southern Spain vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];272:135-45. https://doi.org/10.1016/j.agee.2018.11.010 ). In other soil characterization studies, it has been suggested that acid soils have medium to low exchangeable base contents, low usable P, medium to high Al saturation and medium CEC, and generally have limited solubility of Ca, Mg and K (1818. Calderón-Medina CL, Bautista-Mantilla GP, Rojas-González S. Propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo, indicadores del estado de diferentes ecosistemas en una terraza alta del departamento del Meta. Orinoquia [Internet]. 2018;22(2):141-57. Available from: https://www.redalyc.org/jatsRepo/896/89660465002/89660465002.pdf); however, this behavior did not occur at "El Mamey" farm. It is possible that the high availability of Ca and Mg is due to the formation processes and factors that have affected this area. It is known that 2:1 clays, montmorillonite group, produce high cation exchange capacity, which is in agreement with the results of the chemical analysis made for this soil, showing a high content of exchangeable cations and, in addition, the percentage of saturation by bases is high (1515. Socarrás Armenteros Y, Hernández Jiménez A, Terry Alfonso E, González Cañizares PJ, Sánchez Iznaga ÁL, Delgado Cabrera O, et al. Cambios en las propiedades morfológicas de suelos pardos sialíticos sometidos a diferentes manejos agrícolas en Cuba. Idesia (Arica) [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];37(3):47-53. https://doi.org/10.4067/S0718-34292019000300047 ,2121. Bossi J, Celio A, Mármol S. Formación Libertad: su reformulación. Agrociencia (Uruguay) [Internet]. 2016 [cited 24/08/2021];20(1):36-44. Available from: http://www.scielo.edu.uy/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2301-15482016000100006 ,2222. Solís FAM, Tejeira R. Determinación mineralógica de la fracción arcilla en suelos de importancia agrícolas de la República de Panamá. Investigaciones agropecuarias [Internet]. 2019 [cited 24/08/2021];2(1):34-48. Available from: https://revistas.up.ac.pa/index.php/investigaciones_agropecuarias/article/view/1064 ).

Table 4 shows the internutrient ratios calculated for different horizons identified in the soil profile. The Ca/Mg ratio was normal at all depths; however, the Ca/K; (Ca+Mg)/K; K/Mg and Mg/K ratios were out of range. The K/CECe ratio was low, but the Mg/CECe and Ca/CECe ratios were high. This means that, although Ca and Mg uptake by plants in this soil should be adequate, these elements should be blocking K uptake and, in turn, the latter element should not be predominant in the soil solution.

Table 4.  Internutrient associations of the four horizons identified in the profile.
Horizon/ Depth (cm) Ca/Mg Ca/K (Ca+Mg)/K K/Mg Mg/K K/CECe Mg/CECe Ca/CECe
A1(v)/0-22 5.23 216.56 257.96 0.02 41.40 0.39 15.95 83.42
A2(v)/22-36 3.77 284.69 360.20 0.01 75.51 0.28 20.85 78.60
C1g/36-59 2.36 188.24 268.07 0.01 79.83 0.34 27.44 64.70
C2g/59-112 2.16 476.92 679.44 0.00 220.51 0.14 31.17 67.42

CECe: Effective Cationic Exchangeable Capacity

This behavior indicates that the internutrient equilibrium law is not being complied with in the soil and that it is necessary to correct this imbalance if adequate plant nutrition is to be achieved. In addition, the predominance of Ca2+ and Mg2+ cations in the exchange complex is evident, which is common in soils with montmorillonite clay (2121. Bossi J, Celio A, Mármol S. Formación Libertad: su reformulación. Agrociencia (Uruguay) [Internet]. 2016 [cited 24/08/2021];20(1):36-44. Available from: http://www.scielo.edu.uy/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2301-15482016000100006 ,2323. Del Carmen Blanco M, LETISIA DÍAZ S, MABEL AMIOTTI N. GEODISPONIBILIDAD DE Co, Cr, Fe, Mo, Ni y Zn EN LA CUENCA A° EL DIVISORIO. Ciencia del suelo [Internet]. 2017;35(1). Available from: https://ojs.suelos.org.ar/index.php/cds/article/view/258 ).

Table 5 presents the concentration of microelements and exchangeable Al present in the soil profile. Mn and Zn concentrations were medium in the first horizon and low in the rest. Fe was low in the whole horizon and Cu low in the first depth and medium in the rest. The exchangeable Al content was low from 0 to 36 cm depth, high from 36 to 59 cm and medium from 59 to 112 cm. Al saturation was low throughout the profile.

Table 5.  Micronutrients and exchangeable aluminum concentration from the four identified horizons.
Horizon/Depth Mn Fe Zn Cu Al Al saturation
(cm) (mg L-1) (cmolc kg-1) (%)
A1(v)/0-22 37.20 14.20 7.00 1.90 0.10 0.25
A2(v)/22-36 7.70 7.80 1.70 2.10 0.10 0.28
C1g/36-59 7.50 11.40 1.20 3.20 2.60 7.51
C2g/59-112 6.70 13.40 1.00 2.70 0.70 1.27

It is important to point out that the natural concentrations of microelements in the soil depend fundamentally on the source material, the formation processes and the composition and proportion of the components in the solid phase. Other factors are the percentage and type of clay, organic matter content and physicochemical properties (2424. Martínez Robaina A, González JM, Sobrinho N, ODIO M. Concentraciones y disponibilidad de metales pesados en suelos destinados al cultivo del tabaco localizados en la llanura sur de Pinar del Río-Cuba. 2020. https://doi.org/10.29327/ivsimposioabc.238141 ). Coinciding with these authors, it has been suggested that in soils with high cation exchange capacity and with the presence of clays of the montmorillonite group, the amount of Fe, Zn and Cu microelements that may be present in soil is greater (1414. Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H, Yáñez Díaz MI, Cantú Silva I, González Rodríguez H. Efecto del cambio de uso de suelo en las propiedades químicas de un vertisol. Terra Latinoamericana [Internet]. 2018 [cited 24/08/2021];36(4):369-79. https://doi.org/10.28940/terra.v36i4.349 ).

In addition, pH has been one of the most studied soil properties in relation to the availability of microelements, and it has been found that concentrations increase as pH becomes more acidic (2323. Del Carmen Blanco M, LETISIA DÍAZ S, MABEL AMIOTTI N. GEODISPONIBILIDAD DE Co, Cr, Fe, Mo, Ni y Zn EN LA CUENCA A° EL DIVISORIO. Ciencia del suelo [Internet]. 2017;35(1). Available from: https://ojs.suelos.org.ar/index.php/cds/article/view/258 ,2525. Huang J, Yuan F, Zeng G, Li X, Gu Y, Shi L, et al. Influence of pH on heavy metal speciation and removal from wastewater using micellar-enhanced ultrafiltration. Chemosphere [Internet]. 2017 [cited 24/08/2021];173:199-206. https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2016.12.137 ). Another factor that could have influenced in finding these levels of microelements was the burning of the soil before taking the soil samples, since it has been demonstrated that fire increases the availability of micronutrients in soil (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ). In spite of the above, it can be considered that the concentrations of microelements and Al found in the soil do not represent phytotoxicity levels for crops to be established; nevertheless, it is necessary to keep monitoring them, taking care that their concentrations do not increase to levels above those permissible at an international level.

Microbiological properties

 

Figure 1 shows the relative abundance of phyla of Bacteria and Archaea found in the soil of the "El Mamey" farm. The most abundant were the phyla Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes and Acidobacteria, all from the Bacteria domain. The other phyla found in the Bacteria and Archaea domains presented a lower relative abundance.

Figure 1.  Relative abundance of Bacterial and Archaeal phyla at El Mamey farm.

Figure 2 shows the relative abundance of fungal phyla found in the first 20 cm of the soil of the farm under study. In all samples, the predominance of the phylum Ascomycota was observed, followed by Basidiomycota and Rozellomycota.

Figure 2.  Relative abundance of fungal phyla in the soil (0-20 cm) of "El Mamey" farm.

Although metagenomic studies reveal the enormous diversity of microorganisms in the soil and the heterogeneity of their distribution, most of the sequences found belong to a few dominant phyla, and a large number of phyla were found with very low numbers of sequences, whether from the Bacterial and Archaeal domains or the Fungal Kingdom. It is also noteworthy the great diversity of phyla of Bacteria compared to that of fungi and the low relative abundance of the phylum Glomeromycota.

In particular, the primers used to study bacteria and archaea were designed and used satisfactorily for work carried out with samples from different sources, such as feces, soil, water, marine sediment, among others, in which the presence of a high diversity was found, as well as of orders and genera of the groups investigated (1313. Caporaso J, Lauber C, Walters W, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, et al. Ultra- high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsOpen. The ISME Journal. 2012;6:1621-4. https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 ,2626. Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA, Turnbaugh PJ, et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proceedings of the National Academy of Sciences [Internet]. 2011 [cited 24/08/2021];108(Supplement 1):4516-22. https://doi.org/10.1073/pnas.1000080107 ).

On the other hand, the analysis of fungal populations present in soils is more complicated. Several studies have reported differences in the results regarding the proportion of the different fungal groups, at the phylum, order, genus and species level, depending on the use of different primer combinations and even the region sequenced (2727. Lumini E, Orgiazzi A, Borriello R, Bonfante P, Bianciotto V. Disclosing arbuscular mycorrhizal fungal biodiversity in soil through a land-use gradient using a pyrosequencing approach. Environmental Microbiology [Internet]. 2010 [cited 24/08/2021];12(8):2165-79. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2009.02099.x -3030. Berruti A, Desirò A, Visentin S, Zecca O, Bonfante P, et al. ITS fungal barcoding primers versus 18S AMF-specific primers reveal similar AMF-based diversity patterns in roots and soils of three mountain vineyards. Environmental Microbiology Reports [Internet]. 2017 [cited 24/08/2021];9(5):658-67. https://doi.org/10.1111/1758-2229.12574 ).

In fact, it has been pointed out that the primer used here for its study ITS4A preferentially amplifies ascomycetes (3131. Larena I, Salazar O, González V, Julián MC, Rubio V. Design of a primer for ribosomal DNA internal transcribed spacer with enhanced specificity for ascomycetes. Journal of Biotechnology [Internet]. 1999 [cited 24/08/2021];75(2):187-94. https://doi.org/10.1016/S0168-1656(99)00154-6 ,3232. Nikolcheva LG, Bärlocher F. Taxon-specific fungal primers reveal unexpectedly high diversity during leaf decomposition in a stream. Mycological Progress [Internet]. 2004 [cited 24/08/2021];3(1):41-9. https://doi.org/10.1007/s11557-006-0075-y ), which is in agreement with results, being the most abundant group. Another example is the study carried out in olive tree (Olea europeae L.) farms with the use of primers that amplify Glomeromycota fungi, where, contradictorily, 89.8 % of sequences belonging to organisms of a non-fungal nature were reported (3333. Montes-Borrego M, Metsis M, Landa BB. Arbuscular Mycorhizal Fungi Associated with the Olive Crop across the Andalusian Landscape: Factors Driving Community Differentiation. PLOS ONE [Internet]. 2014 [cited 24/08/2021];9(5):e96397. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096397 ).

Regarding the variations of microorganism populations among samples, these depend directly on the availability of nutrients in the soil, which they use as substrate, and this availability is not usually uniform in space and time. Plant diversity increases the taxonomic and functional diversity of the soil microorganism community. This is because different plants generate different organic residues, resulting in a diversified food base (34). In this case, although the soil was previously covered with a grass species, this was not the only plant present on the site prior to the fire and subsequent land preparation.

In relation to this management type, fire before land preparation, other authors have already pointed out that fire has a direct and indirect influence, in the short and long term, on the biomass of soil microorganisms and their ecosystem services. The direct effect is due to the fact that high temperatures cause mortality and the indirect effects are related to changes in soil properties: substrate quality, nutrient concentration and soil humidity. Regarding fungal populations, fire stimulates phylum fungi populations of the Ascomycota and decreases the richness of AMF species by up to 14 % (2020. Singh AK, Kushwaha M, Rai A, Singh N. Changes in soil microbial response across year following a wildfire in tropical dry forest. For. Ecol. Manag. 391: 458-468 [Internet]. 2017. Available from: https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.02.042 ).

It is necessary to point out that relative abundance is a category of species diversity and intends to include species richness and the uniformity of their distribution in a simple expression and that the greater abundance of morphotypes and genera corresponds to studies carried out in natural ecosystems, which indicates greater diversity of microorganisms in comparison with agroecosystems (3434. Dias L a. F, Lopes I de ON, Cattelan AJ, Debiasi H, Sibaldelli RNR, Kosinsk CL, et al. Sistemas de cultivo utilizados na cultura da soja e efeito sobre a comunidade microbiana do solo. 2018 [cited 24/08/2021]; Available from: https://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/bitstream/doc/1100651/1/BOLETIMPD16.pdf ,3535. Furrazola E, Torres-Arias Y, Hernández-Prado R, Coronill YG. Hongos micorrizógenos arbusculares (Glomeromycota) en suelos agrícolas de la provincia Artemisa, Cuba. Acta Botánica Cubana [Internet]. 2019;218(1):34-43. Available from: https://www.researchgate.net/publication/333457170_Hongos_micorrizogenos_arbusculares_Glomeromycota_en_el_bosque_de_cienaga_El_Embarcadero_en_la_provincia_Mayabeque_Cuba_Arbuscular_mycorrhizal_fungi_Glomeromycota_in_the_swamp_forest_El_Embarcadero_in ).

In this regard, the microbial communities of protected forests are different from the patches of forest adjacent to productive fields, and these microbiomes are modified over the years of agricultural use. This modification does not occur at the loss diversity level , but through the modification of the relative abundances of several microbial groups, especially the less numerous ones (33. Soria MA. ¿ Por qué son importantes los microorganismos del suelo para la agricultura? Química Viva [Internet]. 2016;15(2):3-10. Available from: http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/v15n2/E0037.pdf ).

However, despite the amount of information generated by massive DNA sequencing methodologies, to understand the functioning and dynamics of microbial systems, the new techniques must be complemented with other more traditional physicochemical determinations and with microbiological techniques that serve to evaluate functional changes to understand the behavior of the microbial community in relation to the biotic and abiotic factors of its environment (44. Vera Macías L, Jiménez A, Gallo F, Guzmán Cedeño A, Cedeño A. Manual para la cartografía de suelos y la descripción de perfiles de suelos [Internet]. 1st ed. Escuela Superior Politécnica Agropecuaria de Manabí. Calceta, Manabí. Ecuador: Editorial Humus; 2017. 76 p. Available from: https://www.researchgate.net/publication/330968626_MANUAL_PARA_LA_CARTOGRAFIA_DE_SUELOS_Y_LA_DESCRIPCION_DE_PERFILES_DE_SUELOS_Adaptado_a_las_caracteristicas_de_los_suelos_de_la_parte_centro_norte_de_Manabi ).

Conclusions

 
  • The results indicate that it is a conserved soil, in which main limitations for its agricultural use are the high humidity retention, the low organic matter content and the imbalance in almost all the internutrient ratios evaluated.

  • It is possible to proceed with agricultural work, as long as the necessary corrections are made to achieve adequate plant nutrition.

  • It is necessary to continue checking properties studied over time, since the maintenance of the physical, chemical and biological properties of a soil are relevant aspects to avoid its degradation and erosion, when it is transformed from an area under pasture to an area destined for agricultural crops.

Acknowledgements

 

It would like to thank the National Research System of Panama (SNI-SENACYT) for their support in obtaining the data on the composition of the microorganism communities presented.