Cultivos Tropicales Vol. 44, No. 1, enero-marzo, 2023, ISSN: 1819-4087
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Artículo original

Descomposición del residuo de cosecha de la caña de azúcar por una cepa fúngica autóctona de Trichocladium pyriforme

 

iDMaría Laura Tortora*✉:ltortora@eeaoc.org.ar

iDMaría de los Ángeles Núñez

iDJuan Fernández-de Ullivarri

Fernanda Leggio-Neme

iDEduardo Raúl Romero

iDPatricia Andrea Digonzelli


Estación experimental Agroindustrial Obispo Colombres (EEAOC). Av. William Cross 3150. Las Talitas. Tucumán. Argentina. CP: 4101

 

*Autor para correspondencia: ltortora@eeaoc.org.ar

RESUMEN

Durante el sistema de cosecha en verde de la caña de azúcar, se produce una gran cantidad de residuo agrícola de cosecha que puede dejarse como cobertura sobre el suelo, retirarse del campo o incorporarse en el perfil, según las características agroecológicas de cada área. Es importante descomponer rápidamente la cobertura con residuo en zonas donde resulta perjudicial para la producción del cañaveral. Una de las alternativas para acelerar la descomposición natural del residuo es la utilización de hongos lignocelulolíticos. El objetivo de este trabajo fue aislar cepas fúngicas autóctonas, a partir de la conservación del residuo agrícola de cosecha (RAC) de la caña de azúcar, seleccionar y caracterizar en forma cultural, morfológica y molecular aquellas que presenten mayor potencial para acelerar la descomposición del residuo de la cosecha en verde del cañaveral. A partir de fragmentos de residuo recién cosechado, se aislaron cinco cepas fúngicas autóctonas. Se evaluó la actividad celulolítica y ligninolítica in vitro, utilizando carboximetilcelulosa y guaiacol, como sustratos, respectivamente. La cepa HR5E3 fue la única capaz de descomponer la celulosa y la lignina. Esta cepa, se caracterizó en forma cultural, morfológica y molecular como Trichocladium pyriforme y produjo enzimas del grupo de la lignina peroxidasa, polifenol oxidasas y lacasas. En bioensayos de fermentación en sustrato sólido, dicha cepa aceleró la descomposición del residuo mediante crecimiento diáuxico con glucosa. Trichocladium pyriforme, cepa HR5E3 podría utilizarse como un bioinoculante capaz de degradar la lignocelulosa, y evitar los efectos perjudiciales que la cobertura inalterada del residuo agrícola podría tener sobre el desarrollo del cañaveral.

Palabras clave: 
biodegradación, fermentación, enzimas, lignocelulosa

Received: 11/5/2021; Accepted: 28/1/2022

Conflicto de intereses: Los autores declaran no tener conflicto de intereses.

Contribución de los autores: Conceptualización: Maria Laura Tortora. Investigación: Maria Laura Tortora, Maria de los Ángeles Núñez, Juan Fernández de Ullivarri, Fernanda Leggio Neme. Análisis formal: Tortora Maria Laura, Juan Fernández de Ullivarri, Fernanda Leggio Neme, Eduardo Raúl Romero. Metodología: Maria Laura Tortora, Maria de los Ángeles Núñez. Supervisión: Eduardo Raúl Romero, Patricia Andrea Digonzelli. Escritura borrador inicial: Maria Laura Tortora. Escritura y edición final: Maria Laura Tortora, Eduardo Raúl Romero, Patricia Andrea Digonzelli. Curación de datos: Fernanda Leggio Neme, Eduardo Raúl Romero.

CONTENIDO

INTRODUCCIÓN

 

La caña de azúcar es uno de los cultivos de mayor importancia regional en el noroeste argentino; concentrándose su producción en la provincia de Tucumán, con una superficie cultivable de 276.880 ha, para la zafra 2020 (11. Fandos C, Scandaliaris P, Carreras- Baldrés J, Soria F, Giardina J. Área cosechable y producción de caña de azúcar y azúcar para la zafra 2020 en Tucumán. 2020;190:3-5.). En búsqueda de mejoras en las estrategias productivas, en Tucumán, se ha implementado la cosecha del cañaveral sin quema, conocida como cosecha en verde. Este cambio de sistema impulsó el estudio del manejo de los cañaverales mediante la conservación del residuo agrícola de cosecha (RAC) como cobertura. En este nuevo esquema productivo permanece sobre la superficie del suelo una importante cantidad de residuo (hojas y despuntes) que, para las condiciones de Tucumán, ha sido estimada entre 7 y 16 t ha-1 de materia seca (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.). Distintos estudios han demostrado que el RAC sobre la superficie del suelo aporta materia orgánica y mejora su estabilidad estructural, favorece la conservación de humedad, disminuye la evaporación y mejora la infiltración del agua, reduce la erosión, permite el reciclado de nutrientes y disminuye la infestación por malezas (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.,33. Carvalho JLN, Nogueirol RC, Menandro LMS, Bordonal R de O, Borges CD, Cantarella H, et al. Agronomic and environmental implications of sugarcane straw removal: a major review. GCB Bioenergy. 2017;9(7):1181-95. doi:https://doi.org/10.1111/gcbb.12410 ). Sin embargo, la mineralización del RAC de la caña de azúcar es un proceso lento, ya que se trata de un residuo con alta relación C N-1 (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.), lo cual representa una dificultad en las áreas con exceso de humedad por problemas de drenaje y presencia de una capa freática cercana a la superficie. En estas regiones, mantener el RAC como cobertura afecta, negativamente, el crecimiento del cañaveral (44. Cherubin MR, Oliveira DM da S, Feigl BJ, Pimentel LG, Lisboa IP, Gmach MR, et al. Crop residue harvest for bioenergy production and its implications on soil functioning and plant growth: A review. Scientia Agricola. 2018;75(3):255-72.); por tal motivo, lograr su rápida descomposición representa una ventaja productiva. La utilización de microorganismos descomponedores es una alternativa para acelerar la descomposición natural de los residuos agrícolas y reducir así sus posibles efectos negativos (55. Marzi M, Shahbazi K, Kharazi N, Rezaei M. The Influence of Organic Amendment Source on Carbon and Nitrogen Mineralization in Different Soils. Journal of Soil Science and Plant Nutrition. 2020;20(1):177-91. doi:10.1007/s42729-019-00116-w -77. Maza M, Medina M, Plasencia AM, Amoroso MJ, Yasem MG. Fungal inoculation effect on post-harvest sugarcane residue decomposition under field conditions. Revista agronómica del noroeste argentino. 2018;38(2):65-73.). Los hongos, son los organismos predominantes del suelo responsables de la degradación de la lignocelulosa presente en los residuos vegetales (88. Chukwuma OB, Rafatullah M, Tajarudin HA, Ismail N. Lignocellulolytic Enzymes in Biotechnological and Industrial Processes: A Review. Sustainability. 2020;12(18):7282. doi:10.3390/su12187282 ,99. Ferreira JA, Mahboubi A, Lennartsson PR, Taherzadeh MJ. Waste biorefineries using filamentous ascomycetes fungi: Present status and future prospects. Bioresource Technology. 2016;215:334-45. doi:10.1016/j.biortech.2016.03.018 ), debido a la presencia de distintos sistemas hidrolíticos enzimáticos constituidos por celulasas y hemicelulasas, y un sistema ligninolítico extracelular oxidativo formado por enzimas como lacasas, fenol oxidasas, lignina peroxidasas y manganeso peroxidasas (66. Maza M, Pajot HF, Amoroso MJ, Yasem MG. In-vitro degradation of Czapek and molasses amended post-harvest sugarcane residue by lignocellulolytic fungal strains. International Biodeterioration & Biodegradation. 2015;104:118-22. doi:10.1016/j.ibiod.2015.05.021 ,1010. Kantharaj P, Boobalan B, Sooriamuthu S, Mani R. Lignocellulose degrading enzymes from fungi and their industrial applications. Int. J. Curr. Res. Rev. 2017;9(21):1-12.,1111. Nguyen KA, Wikee S, Lumyong S. Brief review: lignocellulolytic enzymes from polypores for efficient utilization of biomass. Mycosphere. 2018;9(6):1073-88.). Con base en estas consideraciones, el objetivo de este trabajo fue aislar cepas fúngicas autóctonas, a partir del RAC de la caña de azúcar, seleccionar y caracterizar en forma cultural, morfológica y molecular aquellas que presenten mayor potencial en la descomposición del residuo de la cosecha en verde del cañaveral.

MATERIALES Y MÉTODOS

 

Aislamiento de cepas fúngicas a partir del RAC

 

Se colectó RAC de la variedad LCP 85-384 de cañaverales ubicados en el Departamento de Simoca, provincia de Tucumán, Argentina. Esta línea comercial es la más cultivada, con 76 % del área cañera de la provincia (1212. Ostengo S, Espinosa MA, Díaz JV, Chavanne ER, Costilla DD, Cuenya MI. Relevamiento de la distribución de variedades y de otras tecnologías aplicadas en el cultivo de caña de azúcar en la provincia de Tucumán: campaña 2016/2017. Gac. Agroindustrial EEAOC. 2018;81:14.). El RAC se colectó en julio de 2018, inmediatamente después de la cosecha, las muestras se trasladaron en bolsas plásticas cerradas al laboratorio de Microbiología de la Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres (EEAOC) y se conservaron a temperatura ambiente (25 ºC). Para su procesamiento, el residuo se cortó en fragmentos de ≈ 2 cm de longitud, los cuales se lavaron tres veces con agua destilada estéril, se desinfestaron con etanol al 70% (v v-1) por 1 min y luego con NaClO 3 % (v v-1) durante 3 min. Se realizaron cinco lavados sucesivos con agua destilada estéril para eliminar restos del desinfestante. Los trozos se secaron con papel absorbente estéril y se colocaron en placas de Petri que contenían el medio de cultivo agar papa glucosado (APG, Britania). Las placas se incubaron de 7 a 10 d a 35 °C. Una vez desarrollados, los hongos se purificaron mediante repiques sucesivos en el medio de cultivo extracto de malta agar (EMA) (maltosa 12,75 g L-1; dextrosa 2,75 g L-1; glicerol 2,35 g L-1; peptona bacteriológica 0,78 g L-1) y se evaluaron las actividades enzimáticas asociadas a la descomposición del residuo.

Determinación de actividades enzimáticas

 

La actividad ligninolítica se evaluó mediante dos técnicas: 1) se utilizó el medio de cultivo EMA con guaiacol 1 mM (Sigma Aldrich, USA) al 0,01 % (p v-1). Las placas se inocularon a partir de un cultivo sólido de las cepas fúngicas en EMA, y se incubaron por 7 d a 35 °C. La actividad ligninolítica se evaluó por la aparición de un halo de crecimiento color marrón oscuro (1313. Sehgal J, Asha BM, Vardhan A, Siddalingeshwara KG. An Approach on Screening, Production and Characterization of Laccase from Fusarium. Journal of Current Pharma Research. 2020;10(2):3673-9.); 2) se utilizó el medio de cultivo agar lignina alcalina que incluyó guaiacol 1 mM al 0,01 % (p v-1). Las placas se inocularon a partir de un cultivo sólido de las cepas fúngicas en EMA y se incubaron en las mismas condiciones que en la técnica 1. La aparición de una pigmentación color marrón oscuro; indica la oxidación del guaiacol en presencia de las enzimas manganeso y lignina peroxidasas (1313. Sehgal J, Asha BM, Vardhan A, Siddalingeshwara KG. An Approach on Screening, Production and Characterization of Laccase from Fusarium. Journal of Current Pharma Research. 2020;10(2):3673-9.). La actividad celulolítica se evaluó en el medio de cultivo mínimo salino (MMS) con carboximetilcelulosa (CMC), como única fuente de carbono (66. Maza M, Pajot HF, Amoroso MJ, Yasem MG. In-vitro degradation of Czapek and molasses amended post-harvest sugarcane residue by lignocellulolytic fungal strains. International Biodeterioration & Biodegradation. 2015;104:118-22. doi:10.1016/j.ibiod.2015.05.021 ,1414. Cruz-Hernández M. Avances de Investigación en Inocuidad de alimentos. In: Evaluación de hongos filamentosos para la producción de enzimas celulolíticas [Internet]. 2019. Available from: https://www.researchgate.net/publication/344359381_Evaluacion_de_hongos_filamentosos_para_la_produccion_de_enzimas_celuloliticas ).

Las placas con CMC se inocularon a partir de un cultivo sólido de las cepas fúngicas crecidas en EMA y se incubaron durante 7 d a 35 °C. Posteriormente, las placas se tiñeron con una solución de Rojo Congo (RC) 0,1 % (p v-1), durante 15 min y se lavaron tres veces con NaCl 1 M. La actividad celulolítica se determinó por la aparición de halos claros alrededor de las colonias. La técnica consistió en la capacidad del colorante RC de adherirse a la CMC, de esta forma la placa de Petri adquiere un color rojo. Cuando la CMC se degrada por el complejo enzimático de la celulasa, el área hidrolizada adquiere un color amarillo claro que indica que el colorante no pudo adherirse al polímero que se ha degradado como consecuencia de la actividad celulolítica del hongo (1414. Cruz-Hernández M. Avances de Investigación en Inocuidad de alimentos. In: Evaluación de hongos filamentosos para la producción de enzimas celulolíticas [Internet]. 2019. Available from: https://www.researchgate.net/publication/344359381_Evaluacion_de_hongos_filamentosos_para_la_produccion_de_enzimas_celuloliticas ). La cepa fúngica que presentó actividades ligninolíticas y celulolíticas positivas, se caracterizó en forma cultural, morfológica y molecular.

Caracterización de la cepa fúngica seleccionada

 

La caracterización cultural y morfológica se realizó a la cepa HR5E3, crecida en medio EMA, mediante observaciones macroscópicas y microscópicas (microscopio óptico Nikon, modelo E200). Para la caracterización molecular, el hongo se repicó en placas de Petri, con el medio de cultivo sólido EMA. Previo a la inoculación, se colocó un disco de papel celofán estéril sobre las placas, a fin de facilitar la posterior extracción del micelio. Las placas se incubaron en estufa por 10 d a 35 °C. Se realizó la extracción de ADN, con la técnica del fenol-cloroformo (1515. Gaillard C, Strauss F. Ethanol precipitation of DNA with linear polyacrylamide as carrier. Nucleic Acids Research. 1990;18(2):378.) y se llevó a cabo un análisis electroforético en gel de agarosa al 1 % (p v-1). La PCR se efectuó con los cebadores ITS1/ITS4 que están diseñados en estas mismas regiones internas, y amplifican un fragmento de 600 pb del gen ADNr, 16S. Los amplicones se verificaron por electroforesis en gel de agarosa al 1 % (p v-1) y se envió secuenciar al Laboratorio de Secuenciación del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) Castelar, Buenos Aires, Argentina. Las secuencias obtenidas se analizaron con el programa BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) del NCBI (2020).

Perfil de producción de enzimas ligninolíticas

 

La producción de enzimas ligninolíticas se evaluó en el medio basal ligninasa (MBL) sólido (KH2PO4 1 g L-1; extracto de levadura 0,01 g L-1; C4H12N2O6 0,5 g L-1; CuSO4.5H2O 0,001 g L-1; MgSO4.7H2O 0,5 g L-1; Fe2(SO4)3 0,001 g L-1; CaCl2.2H2O 0,01 g L-1; MnSO4.H2O 0,001 g L-1), suplementado con sustratos específicos, según la enzima a evaluar. Como control se utilizó la cepa Pycnoporus sp. P6 con actividad ligninolítica (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ). El medio sólido MBL se inoculó con discos miceliares de 0,5 cm de diámetro, obtenidos a partir de la periferia de una colonia del hongo que se desarrolló en el medio EMA durante 7 d a 35 ºC.

Las actividades enzimáticas evaluadas fueron las siguientes: 1) Lignina peroxidasa (LiP). El medio MBL se suplementó con una solución del colorante Azure B a una concentración final de 0,01 % (v v-1). La producción de LiP se evidencia según la aparición de un halo de decoloración alrededor de la colonia fúngica (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.); 2) Polifenoloxidasas (POx). El medio MBL se suplementó con una solución de ácido tánico 0,5 % (p v-1). La formación de un halo color marrón alrededor de la colonia fúngica indica reacción positiva (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.); 3) Lacasa (Lac). Para su evaluación se llevaron a cabo dos metodologías. Se suplementó el medio MBL con el sustrato ABTS [ácido 2,2-azino-bis (3-etilbenzotiazolina-6- sulfónico)], a una concentración final de 0,1 % (p v-1). La aparición de halos de color verde oscuro indica actividad Lac (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.). Por otro lado, se crecieron cepas fúngicas en el medio MBL sin adición de sustratos. Luego de incubar las placas durante 10 d a 35 ºC, se realizaron perforaciones con un sacabocado estéril en la zona periférica de crecimiento miceliar, en las cuales se agregaron diferentes sustratos, a fin de confirmar la actividad Lac. En una de las perforaciones se agregó solución de siringaldazina (3,5-dimetoxi-4-hidroxibenzaldehidazina) 0,5 mM, disuelta en dimetilsulfóxido (DMSO), en presencia y ausencia de buffer fosfato 50 mM, pH 6. La formación de un producto quinónico de color rosa indica reacción positiva (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.). En otra de las perforaciones se agregó ABTS 0,1 % (p v-1), y en otra 0,8 g L-1 de 2,6- dimetoxifenol (DMP). En este último caso, la actividad Lac se demostró por la aparición de halos de color naranja, debido a la oxidación del sustrato (1818. Fonseca MI, Zapata PD, Villalba LL, Fariña JI. Characterization of the oxidative enzyme potential in wild white rot fungi from the subtropical forest of Misiones (Argentina). Acta biològica colombiana. 2015;20(1):47-56.).

Bioensayo de descomposición del RAC

 

La descomposición del RAC se evaluó mediante un ensayo de fermentación en sustrato sólido, realizado bajo condiciones controladas (25 °C y 90 % de humedad relativa). Como soporte, se usó RAC de la variedad LCP 85-384, colectado inmediatamente después de la cosecha (julio, 2019) y esterilizado en autoclave (20 min, 121 °C). En bandejas plásticas de 500 mL, se colocaron 4 g de residuo seco esterilizado y se evaluaron los siguientes tratamientos: 1) RAC inoculado con tres fragmentos de 0,5 cm2 del medio agarizado que contenía micelio del hongo; 2) RAC inoculado con tres fragmentos de 0,5 cm2 del medio agarizado que incluía micelio del hongo y 850 μL de glucosa 8 % (p v-1) esterilizada por filtración; 3) RAC inoculado con 5 mL de una suspensión de 109 conidios mL-1; 4) RAC inoculado con 5 mL de una suspensión de 109 conidios mL-1 y 850 μL de glucosa 8 % (p v-1) esterilizada por filtración y 5) RAC sin inocular y humedecido con 850 μL de agua destilada estéril como control. Los tratamientos se distribuyeron en un diseño experimental completamente aleatorizado con tres repeticiones por tratamiento y cinco individuos por repetición. Al inicio del ensayo (t0) y a los 65 días postinoculación (t65), se determinó el contenido de lignina con la técnica lignina detergente ácida (LDA) (1919. Goering HK, Soest PJV. Forage Fiber Analyses (apparatus, Reagents, Procedures, and Some Applications). Vol. 379. U.S. Agricultural Research Service; 1970. 24 p.). Los datos se analizaron mediante análisis de varianza (ANOVA) y la Prueba LSD Fisher con el programa InfoStat (Software Estadístico, 2010) para Windows.

RESULTADOS Y DISCUSIÓN

 

La utilización de cepas fúngicas autóctonas, adaptadas a las condiciones agroecológicas de los cañaverales de la región, y con capacidad para descomponer el RAC, constituye una de las alternativas promisorias a fin de acelerar la descomposición del residuo y evitar los efectos perjudiciales que genera la acumulación de biomasa sobre la superficie del suelo. A partir de RAC recién cosechado de la variedad LCP 85-384, se aislaron cinco cepas fúngicas con características culturales y morfológicas distintas. De estas, dos no presentaron actividad celulolítica ni ligninolítica, tres manifestaron actividad celulolítica cuando se incubaron en presencia de CMC y una de ellas tuvo ambas actividades (Tabla 1). Esta cepa (HR5E3) se seleccionó por su actividad ligninolítica y celulolítica para su caracterización molecular.

Tabla 1.  Actividades celulolíticas y ligninolíticas en las cepas fúngicas aisladas a partir del RAC de la caña de azúcar

Las siglas ND indican actividad enzimática no detectada

Los resultados de la caracterización cultural y morfológica de la cepa HR5E3 se presentan en la Figura 1: la colonia, circular, desarrolló bordes irregulares con relieve, de textura aterciopelada y coloración negra grisácea, debido a la abundante producción de clamidosporas (Figura 1a) (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.); las hifas, septadas, presentaron hinchazones redondeados y próximos a las septas (Figura 1b). El tamaño promedio de los conidios fue de 8-10 × 4-5 μm, con forma piriforme o “de pera” (Figura 1b)

Las flechas indican a los conidios en forma piriforme o “de pera”
Figura 1.  Morfología de Trichocladium pyriforme, cepa HR5E3. a) Apariencia de la colonia de frente, con bordes circulares y coloración grisácea; b) Aspecto microscópico de hifas y conidios

La secuenciación confirmó que la cepa fúngica seleccionada HR5E3 corresponde a la especie Trichocladium pyriforme (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.), con 98,75 % de identidad. Las características morfológicas y culturales de T. pyriforme, reportadas por Dixon (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.), coincidieron con las observadas en estas determinaciones. La presencia de esta especie se reportó, previamente, como parte de la comunidad fúngica asociada a hojas de caña de azúcar en descomposición (2121. de Souza RSC, Okura VK, Armanhi JSL, Jorrín B, Lozano N, Da Silva MJ, et al. Unlocking the bacterial and fungal communities assemblages of sugarcane microbiome. Scientific Reports. 2016;6(1):1-15.), a pesar de las variaciones que existen en las poblaciones microbianas asociadas a los tejidos del cultivo en mención (2222. Miura T, Niswati A, Swibawa IG, Haryani S, Gunito H, Shimano S, et al. Diversity of Fungi on Decomposing Leaf Litter in a Sugarcane Plantation and Their Response to Tillage Practice and Bagasse Mulching: Implications for Management Effects on Litter Decomposition. Microbial Ecology. 2015;70(3):646-58. doi:10.1007/s00248-015-0620-9 ).

El crecimiento y la producción de enzimas ligninolíticas extracelulares por T. pyriforme, cepa HR5E3, se evaluó utilizando diversos medios de cultivo sólidos que contienen sustratos o indicadores que permiten la visualización directa de la producción de enzimas (Tabla 2).

Tabla 2.  Actividades enzimáticas ligninolíticas de Trichocladium pyriforme cepa HR5E3 en el medio sólido MBL
Cepas fúngicas LiP (azure B) Lac (ABTS) POx (ácido tánico)
T. pyriforme HR5E3 + C + C ++ C
Pycnoporus sp. P6 +++ C +++ C +++ C

El número de cruces indica la intensidad de reacción positiva [débil (+) a muy fuerte (+++)]; (C) sin restricciones de crecimiento; (LiP) Lignina peroxidasa; (Lac) Lacasa; (POx) Polifenoloxidasa; (ABTS) [ácido 2,2-azino-bis (3-etilbenzotiazolina-6- sulfónico)]

Los resultados demostraron que la cepa fúngica seleccionada produjo enzimas ligninolíticas extracelulares del grupo de las LiP, Lac y POx, que están implicadas en la descomposición de la lignina (1818. Fonseca MI, Zapata PD, Villalba LL, Fariña JI. Characterization of the oxidative enzyme potential in wild white rot fungi from the subtropical forest of Misiones (Argentina). Acta biològica colombiana. 2015;20(1):47-56.). Sin embargo, el potencial de producción para las tres enzimas ligninolíticas evaluadas fue menor que el de la cepa control. En este trabajo, se utilizó el medio MBL suplementado con ácido tánico para detectar la producción de oxidasas extracelulares (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ), pese a que solo algunos hongos son capaces de crecer en presencia de este compuesto, debido a su elevada toxicidad (2323. Spennati F, Ricotti A, Mori G, Siracusa G, Becarelli S, Gregorio SD, et al. The role of cosubstrate and mixing on fungal biofilm efficiency in the removal of tannins. Environmental Technology. 2020;41(26):3515-23. doi:10.1080/09593330.2019.1615128 ). En este sentido, T. pyriforme cepa HR5E3 no solo fue capaz de desarrollarse en presencia de ácido tánico al 0,5 % (p v-1), sino que además presentó moderada actividad POx, por lo que sería interesante estudiar el posible uso de este microorganismo, no solo para acelerar la descomposición del RAC de caña de azúcar, sino también en procesos de biorremediación de suelos contaminados con este grupo de compuestos fenólicos (2424. Sen SK, Raut S, Bandyopadhyay P, Raut S. Fungal decolouration and degradation of azo dyes: A review. Fungal Biology Reviews. 2016;30(3):112-33. doi:10.1016/j.fbr.2016.06.003 ).

Debido a que Lac tiene capacidad para oxidar de manera diferencial distintos sustratos, según su potencial redox (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ), se evaluó la actividad de esta enzima de la cepa en estudio en el medio MBL, suplementado con diferentes sustratos. Se demostró que las enzimas Lac extracelulares producidas por T. pyriforme HR5E3 tienen afinidad y actividad para sustratos como el ABTS y el DMP, mientras que no fueron capaces de oxidar a la siringaldazina (Tabla 3). Las diferencias observadas entre los sustratos utilizados podrían atribuirse a que presentan grupos químicos en distintas posiciones, lo que genera diferentes afinidades de las Lacs para cada compuesto (1111. Nguyen KA, Wikee S, Lumyong S. Brief review: lignocellulolytic enzymes from polypores for efficient utilization of biomass. Mycosphere. 2018;9(6):1073-88.).

Tabla 3.  Actividad Lac de Trichocladium pyriforme cepa HR5E3 en presencia de distintos sustratos
Cepas fúngicas Lac (siringaldazina + buffer P) Lac (siringaldazina s/buffer P) Lac (DMP) Lac (ABTS)
T. pyriforme HR5E3 - - ++ ++
Pycnoporus sp. P6 + + +++ +++

El número de cruces indica la intensidad de reacción positiva [débil (+) a muy fuerte (+++)]; (Lac) Lacasa; (POx) Polifenoloxidasa; (ABTS) [ácido 2,2-azino-bis (3-etilbenzotiazolina-6- sulfónico)]

La capacidad de T. pyriforme cepa HR5E3 de descomponer el RAC se evaluó en bioensayos de fermentación en sustrato sólido, bajo condiciones controladas. Al inicio del ensayo (t0), el contenido de lignina del RAC, previo a la inoculación, fue del 16,74 % (p p-1). Según se observa en la Tabla 4, a los 65 d postinoculación (t65), el contenido de lignina del RAC de los tratamientos 2, 3 y 4 se redujo significativamente, mientras que en el tratamiento 1, cuando la inoculación del RAC se realizó solo con el micelio del hongo, no se observaron diferencias. Como era de esperar, el contenido de lignina del RAC sin inocular (tratamiento 5) se mantuvo constante hasta el final del ensayo.

Tabla 4.  Porcentaje de lignina del RAC, en los diferentes tratamientos evaluados
Tratamiento Descripción Lignina Reducción de lignina (%)
t0 (% p p-1) t65 (% p p-1)
1 RAC inoculado con micelio 16,74 a 15,27 a 8,78
2 RAC inoculado con micelio + glucosa 8% 16,74 a 11,05 b 33,99
3 RAC inoculado con suspensión de conidios 16,74 a 12,06 b 27,95
4 RAC inoculado con suspensión de conidios + glucosa 8% 16,74 a 7,98 b 52,33
5 RAC sin inoculación 16,74 a 16,74 a 0

(t0) tiempo inicial; (t65) 65 dias postinoculación. Letras distintas, por fila, indican diferencias significativas (Prueba LSD, Fisher) con p≤ 0,05

La inoculación con conidios sobre el RAC redujo 27,95 % el contenido de lignina, respecto al valor inicial, probablemente debido al aumento de la superficie de contacto entre el hongo y el residuo. En los dos tratamientos suplementados con glucosa 8 % (p v-1), el contenido final de lignina del RAC fue menor respecto al control y menor respecto al mismo tratamiento sin el agregado de glucosa (Tabla 4). La disminución del contenido de lignina, cuando la fermentación se realizó inoculando el RAC con un fragmento de micelio agarizado suplementado con glucosa, fue de 33,99 %, en relación con el contenido de lignina inicial; en tanto que, cuando se realizó por inoculación con conidios y se suplementó con glucosa, se alcanzó la mayor reducción en el contenido de lignina con un valor de 52,33 % (Tabla 4). Esto indicaría que la descomposición fúngica de la lignina por la cepa HR5E3 (T. pyriforme) se realiza con una cinética de crecimiento diáuxico, al estar presentes dos fuentes de carbono (C) distintas. Se reportó que un factor crítico para descomponer el residuo de cosecha de la caña de azúcar, utilizando cepas fúngicas, es agregar una fuente de C fácilmente asimilable para que los hongos inicien el desarrollo de su biomasa (2525. Beary TP, Boopathy R, Templet P. Accelerated decomposition of sugarcane crop residue using a fungal-bacterial consortium. International Biodeterioration & Biodegradation. 2002;50(1):41-6. doi:10.1016/S0964-8305(02)00056-2 ). Según lo observado en este trabajo, y en relación con lo reportado por Chu y Barnes (2626. Chu D, Barnes DJ. The lag-phase during diauxic growth is a trade-off between fast adaptation and high growth rate. Scientific Reports. 2016;6(1):1-15. doi:10.1038/srep25191 ), en una primera etapa, el hongo crece a expensas de la glucosa y, una vez agotada esta fuente de C, continúa su crecimiento degradando la lignina.

La capacidad de diversas especies de Trichocladium para descomponer residuos lignocelulolíticos se reportó por Durrant (2727. Durrant LR. Biodegradation of lignocellulosic materials by soil fungi isolated under anaerobic conditions. International Biodeterioration & Biodegradation. 1996;37(3):189-95. doi:10.1016/S0964-8305(96)00022-4 ) y por Pavarina y Durrant (2828. Pavarina EC, Durrant LR. Growth of lignocellulosic-fermenting fungi on different substrates under low oxygenation conditions. Applied Biochemistry and Biotechnology. 2002;98(1):663-77. doi:10.1385/ABAB:98-100:1-9:663 ), quienes observaron que, al cultivar estos hongos sobre bagazo de caña de azúcar y aserrín, se promovió la degradación del material lignocelulósico. Algunas especies del género en mención producen endo y exoglucanasas, xilanasas y β glucosidasas, capaces de descomponer la celulosa en condiciones aeróbicas, microaerofílicas y anaeróbicas. Esta capacidad, aunada a la producción de Lacs, tanto en condiciones aeróbicas como microaerofílicas, le otorga a este grupo de hongos gran versatilidad para digerir los polisacáridos estructurales de la pared celular de las plantas, independientemente del nivel de oxígeno que se encuentre en el ambiente, confiriéndole una ventaja competitiva en los ambientes naturales frente a otros microorganismos descomponedores (2727. Durrant LR. Biodegradation of lignocellulosic materials by soil fungi isolated under anaerobic conditions. International Biodeterioration & Biodegradation. 1996;37(3):189-95. doi:10.1016/S0964-8305(96)00022-4 ).

Si se profundizan los estudios sobre las bases moleculares asociadas a la producción de estas enzimas biotecnológicas relevantes, la cepa T. pyriforme HR5E3, podría utilizarse a gran escala para favorecer la rápida liberación de azúcares fermentables a partir del RAC, para su posterior transformación en alcohol u otros compuestos. De esta forma, se lograría el aprovechamiento de un residuo de cosecha que se produce en grandes cantidades, convirtiéndolo en materia prima para la obtención de compuestos de interés, y lograr su revalorización.

CONCLUSIONES

 
  • La cepa HR5E3, identificada como Trichocladium pyriforme y aislada a partir del RAC de cañaverales de la variedad LCP 85-384 en Tucumán (Argentina), presentó actividad celulolítica y ligninolítica in vitro, y aceleró la descomposición del RAC en ensayos de fermentación en sustrato sólido, por crecimiento diáuxico, en presencia de glucosa.

  • La cepa seleccionada podría utilizarse como un potencial bioinoculante, a fin de acelerar la descomposición del RAC que permanece como cobertura sobre la superficie del suelo, luego de la cosecha en verde de la caña de azúcar. Esto contribuiría a evitar los efectos perjudiciales que, en algunas zonas, el mantenimiento de la cobertura inalterada de RAC podría tener sobre el crecimiento y el desarrollo del cañaveral.

AGRADECIMIENTOS

 

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Cultivos Tropicales Vol. 44, No. 1, enero-marzo, 2023, ISSN: 1819-4087
 
Original article

Residue decomposition of sugar cane harvest by an autochthonous fungal strain of Trichocladium pyriforme

 

iDMaría Laura Tortora*✉:ltortora@eeaoc.org.ar

iDMaría de los Ángeles Núñez

iDJuan Fernández-de Ullivarri

iDFernanda Leggio-Neme

iDEduardo Raúl Romero

iDPatricia Andrea Digonzelli


Estación experimental Agroindustrial Obispo Colombres (EEAOC). Av. William Cross 3150. Las Talitas. Tucumán. Argentina. CP: 4101

 

*Author for correspondence: ltortora@eeaoc.org.ar

ABSTRACT

During the green harvesting system of sugarcane, a large amount of agricultural harvest residue is produced that can be left as mulch on the soil, removed from the field or incorporated into the profile, depending on the agroecological characteristics of each area. It is important to rapidly decompose the cover crop residue in areas where it is detrimental to sugarcane production. One of the alternatives to accelerate the natural decomposition of the residue is the use of lignocellulolytic fungi. The objective of this work was to isolate autochthonous fungal strains from sugarcane ARH, select and characterize culturally, morphologically and molecularly those with the greatest potential to accelerate the decomposition of the green harvest residue of the sugarcane field. Five autochthonous fungal strains were isolated from fragments of freshly harvested residue. Cellulolytic and ligninolytic activity was evaluated in vitro, using carboxymethylcellulose and guaiacol as substrates, respectively. Strain HR5E3 was the only strain able to decompose cellulose and lignin. This strain was culturally, morphologically and molecularly characterized as Trichocladium pyriforme and produced enzymes of the lignin peroxidase group, polyphenol oxidases and laccases. In solid substrate fermentation bioassays, this strain accelerated the decomposition of the residue by di-auxic growth with glucose. Trichocladium pyriforme HR5E3 could be used as a bioinoculant capable of degrading lignocellulose, and avoid the detrimental effects that the unaltered cover of the agricultural residue could have on the development of sugarcane.

Key words: 
biodegradation, fermentation, lignocellulolytic enzymes

INTRODUCTION

 

Sugarcane is one of the most important regional crops in northwestern Argentina; its production is concentrated in Tucumán province, with a cultivable area of 276.880 ha for the 2020 harvest (11. Fandos C, Scandaliaris P, Carreras- Baldrés J, Soria F, Giardina J. Área cosechable y producción de caña de azúcar y azúcar para la zafra 2020 en Tucumán. 2020;190:3-5.). In search of improvements in production strategies, Tucumán has implemented sugarcane harvesting without burning, known as green harvesting. This change in the system prompted the study of sugarcane field management through the conservation of the agricultural residue of the harvest (ARH) as a cover crop. In this new production scheme, a significant amount of residue (leaves and trimmings) remains on the soil surface, which, for Tucumán conditions, has been estimated at between 7 and 16 t ha-1 of dry matter (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.). Different studies have shown that the conservation of ARH on the soil surface provides organic matter and improves its structural stability, enhances moisture conservation, reduces evaporation and improves water infiltration, reduces erosion, allows the recycling of nutrients and reduces weed infestation (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.,33. Carvalho JLN, Nogueirol RC, Menandro LMS, Bordonal R de O, Borges CD, Cantarella H, et al. Agronomic and environmental implications of sugarcane straw removal: a major review. GCB Bioenergy. 2017;9(7):1181-95. doi:https://doi.org/10.1111/gcbb.12410 ). However, the mineralization of sugarcane ARH is a slow process, since it is a residue with a high C N-1 ratio (22. Digonzelli PA, Romero ER, Alonso L, Ullivarri F, Quinteros R, Scandaliaris J, et al. Assessing a sustainable sugarcane production system in Tucumán, Argentina. Part 1: Dynamics of sugarcane harvest residue (trash) decomposition. Revista industrial y agrícola de Tucumán. 2011;88(1):1-12.), which represents a difficulty in areas with excess moisture due to drainage problems and the presence of a water table close to the surface. In these regions, maintaining the ARH as a cover negatively affects the growth of the sugarcane field (44. Cherubin MR, Oliveira DM da S, Feigl BJ, Pimentel LG, Lisboa IP, Gmach MR, et al. Crop residue harvest for bioenergy production and its implications on soil functioning and plant growth: A review. Scientia Agricola. 2018;75(3):255-72.); for this reason, achieving its rapid decomposition represents a productive advantage. The use of decomposing microorganisms is an alternative to accelerate the natural decomposition of agricultural residues and thus reduce their possible negative effects (55. Marzi M, Shahbazi K, Kharazi N, Rezaei M. The Influence of Organic Amendment Source on Carbon and Nitrogen Mineralization in Different Soils. Journal of Soil Science and Plant Nutrition. 2020;20(1):177-91. doi:10.1007/s42729-019-00116-w -77. Maza M, Medina M, Plasencia AM, Amoroso MJ, Yasem MG. Fungal inoculation effect on post-harvest sugarcane residue decomposition under field conditions. Revista agronómica del noroeste argentino. 2018;38(2):65-73.). Fungi are the predominant soil organisms responsible for the degradation of lignocellulose present in plant residues (88. Chukwuma OB, Rafatullah M, Tajarudin HA, Ismail N. Lignocellulolytic Enzymes in Biotechnological and Industrial Processes: A Review. Sustainability. 2020;12(18):7282. doi:10.3390/su12187282 ,99. Ferreira JA, Mahboubi A, Lennartsson PR, Taherzadeh MJ. Waste biorefineries using filamentous ascomycetes fungi: Present status and future prospects. Bioresource Technology. 2016;215:334-45. doi:10.1016/j.biortech.2016.03.018 ), due to the presence of different enzymatic hydrolytic systems consisting of cellulases and hemicellulases, and an extracellular oxidative ligninolytic system consisting of enzymes such as laccases, phenol oxidases, lignin peroxidases and manganese peroxidases (66. Maza M, Pajot HF, Amoroso MJ, Yasem MG. In-vitro degradation of Czapek and molasses amended post-harvest sugarcane residue by lignocellulolytic fungal strains. International Biodeterioration & Biodegradation. 2015;104:118-22. doi:10.1016/j.ibiod.2015.05.021 ,1010. Kantharaj P, Boobalan B, Sooriamuthu S, Mani R. Lignocellulose degrading enzymes from fungi and their industrial applications. Int. J. Curr. Res. Rev. 2017;9(21):1-12.,1111. Nguyen KA, Wikee S, Lumyong S. Brief review: lignocellulolytic enzymes from polypores for efficient utilization of biomass. Mycosphere. 2018;9(6):1073-88.). Based on these considerations, the objective of this work was to isolate autochthonous fungal strains from sugarcane ARH, select and characterize culturally, morphologically and molecularly those with the greatest potential in the decomposition of the residue from the green harvesting of sugarcane.

MATERIALS AND METHODS

 

Isolation of fungal strains from ARH

 

ARH of the LCP 85-384 variety was collected from sugarcane fields located in the Department of Simoca, Tucumán province, Argentina. This commercial line is the most cultivated with 76 % of the sugarcane area of the province (1212. Ostengo S, Espinosa MA, Díaz JV, Chavanne ER, Costilla DD, Cuenya MI. Relevamiento de la distribución de variedades y de otras tecnologías aplicadas en el cultivo de caña de azúcar en la provincia de Tucumán: campaña 2016/2017. Gac. Agroindustrial EEAOC. 2018;81:14.). The ARH was collected in July 2018, immediately after harvest, the samples were transferred in closed plastic bags to the Microbiology laboratory of the Obispo Colombres Agroindustrial Experimental Station (EEAOC) and stored at room temperature (25 ºC). For processing, the residue was cut into fragments of ≈ 2 cm in length, which were washed three times with sterile distilled water, disinfested with 70 % ethanol (v v v-1) for 1 min and then with NaCLO 3 % (v v v-1) for 3 min. Five successive washes were performed with sterile distilled water to remove traces of the disinfectant. The pieces were dried with sterile absorbent paper and placed in Petri dishes containing potato glucose agar culture medium (APG, Britania). Plates were incubated for 7 to 10 d at 35 °C. Once developed, the fungi were purified by successive plating on malt extract agar (EMA) culture medium (maltose 12.75 g L-1; dextrose 2.75 g L-1; glycerol 2.35 g L-1; bacterial peptone 0.78 g L-1) and the enzyme activities associated with residue decomposition were evaluated.

Determination of enzymatic activities

 

Ligninolytic activity was evaluated by two different techniques: 1) EMA culture medium with 1 mM guaiacol (Sigma Aldrich, USA) at 0.01 % (p v-1) was used. Plates were inoculated from a solid culture of the fungal strains on EMA, and incubated for 7 d at 35 °C. Ligninolytic activity was assessed by the appearance of a dark brown growth halo (1313. Sehgal J, Asha BM, Vardhan A, Siddalingeshwara KG. An Approach on Screening, Production and Characterization of Laccase from Fusarium. Journal of Current Pharma Research. 2020;10(2):3673-9.); 2) alkaline lignin agar medium including 1 mM guaiacol 0.01 % (p v-1) was used. Plates were inoculated from a solid culture of the fungal strains on EMA and incubated under the same conditions as in technique 1. The appearance of a dark brown pigmentation; indicates oxidation of guaiacol in the presence of the enzymes manganese and lignin peroxidases (1313. Sehgal J, Asha BM, Vardhan A, Siddalingeshwara KG. An Approach on Screening, Production and Characterization of Laccase from Fusarium. Journal of Current Pharma Research. 2020;10(2):3673-9.). Cellulolytic activity was evaluated in minimal salt medium (MMS) with carboxymethylcellulose (CMC) as the sole carbon source (66. Maza M, Pajot HF, Amoroso MJ, Yasem MG. In-vitro degradation of Czapek and molasses amended post-harvest sugarcane residue by lignocellulolytic fungal strains. International Biodeterioration & Biodegradation. 2015;104:118-22. doi:10.1016/j.ibiod.2015.05.021 ,1414. Cruz-Hernández M. Avances de Investigación en Inocuidad de alimentos. In: Evaluación de hongos filamentosos para la producción de enzimas celulolíticas [Internet]. 2019. Available from: https://www.researchgate.net/publication/344359381_Evaluacion_de_hongos_filamentosos_para_la_produccion_de_enzimas_celuloliticas ).

Plates with CMC were inoculated from a solid culture of the fungal strains grown on MMS and incubated for 7 d at 35 °C. Subsequently, plates were stained with a 0.1 % (p v-1) Congo Red (CR) solution for 15 min and washed three times with 1 M NaCl. Cellulolytic activity was determined by the appearance of clear halos around the colonies. The technique consisted in the ability of the CR dye to adhere to the CMC, thus the Petri dish acquires a red color. When the CMC is degraded by the cellulase enzyme complex, the hydrolyzed area acquires a light yellow color indicating that the dye could not adhere to the polymer that has been degraded as a consequence of the cellulolytic activity of the fungus (1414. Cruz-Hernández M. Avances de Investigación en Inocuidad de alimentos. In: Evaluación de hongos filamentosos para la producción de enzimas celulolíticas [Internet]. 2019. Available from: https://www.researchgate.net/publication/344359381_Evaluacion_de_hongos_filamentosos_para_la_produccion_de_enzimas_celuloliticas ). The fungal strain that showed positive ligninolytic and cellulolytic activities was characterized culturally, morphologically and molecularly.

Characterization of the selected fungal strain

 

Cultural and morphological characterization was performed by micro and macroscopic observations. For molecular characterization, the fungus was plated in Petri dishes with EMA solid culture medium. Prior to inoculation, a disc of sterile cellophane paper was placed on the plates to facilitate the subsequent extraction of the mycelium. The plates were incubated in an oven for 10 d at 35 °C. DNA extraction was performed using the phenol-chloroform technique (1515. Gaillard C, Strauss F. Ethanol precipitation of DNA with linear polyacrylamide as carrier. Nucleic Acids Research. 1990;18(2):378.) and electrophoretic analysis was carried out on a 1 % agarose gel (p v-1). PCR was performed with ITS1/ITS4 primers that are designed in these same internal regions and amplify 600 bp. The amplicons were verified by 1 % agarose gel electrophoresis (p v-1) and sent for sequencing to the Sequencing Laboratory of the National Institute of Agricultural Technology (INTA) Castelar, Buenos Aires, Argentina. The sequences obtained were analyzed with the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program of NCBI (2020).

Ligninolytic enzyme production profile

 

Ligninolytic enzyme production was evaluated on solid basal ligninase (MBL) medium (KH2PO4 1 g L-1; yeast extract 0.01 g L-1; C4H12N2O6 0.5 g L-1; CuSO4. 5H2O 0.001 g L-1; MgSO4.7H2O 0.5 g L-1; Fe2(SO4)3 0.001 g L-1; CaCl2.2H2O 0.01 g L-1; MnSO4.H2O 0.001 g L-1), supplemented with specific substrates, according to the enzyme to be evaluated. The Pycnoporus sp. P6 strain with ligninolytic activity was used as a control (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ). The solid MBL medium was inoculated with mycelial discs of 0.5 cm in diameter, obtained from the periphery of a fungal colony that developed in EMA medium for 7 d at 35 ºC.

The enzymatic activities evaluated were as follows: 1) Lignin peroxidase (LiP). The MBL medium was supplemented with a solution of Azure B dye at a final concentration of 0.01 % (v v-1). LiP production is evidenced by the appearance of a halo of discoloration around the fungal colony (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.); 2) Polyphenoloxidases (POx). MBL medium was supplemented with 0.5 % tannic acid solution (p v-1). The formation of a brown halo around the fungal colony indicates a positive reaction (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.); 3) Lacase (Lac). Two methodologies were carried out for their evaluation. The MBL medium was supplemented with the ABTS substrate [2,2-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid], at a final concentration of 0.1 % (p v-1). The appearance of dark green halos indicates Lac activity (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.). On the other hand, fungal strains were grown on MBL medium without addition of substrates. After incubating the plates for 10 d at 35 ºC, punctures were made with a sterile punch in the peripheral zone of mycelial growth, in which different substrates were added, in order to confirm Lac activity. Syringaldazine (3,5-dimethoxy-4-hydroxybenzaldehyde) 0.5 mM solution, dissolved in dimethyl sulfoxide (DMSO), was added to one of the punctures in the presence and absence of 50 mM phosphate buffer, pH 6. The formation of a pink quinone product indicates a positive reaction (1717. Pointing SB. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal diversity. 1999;2:17-33.). In another borehole, 0.1 % (p v-1) ABTS was added, and in another 0.8 g L-1 of 2,6- dimethoxyphenol (DMP). In the latter case, Lac activity was demonstrated by the appearance of orange halos, due to oxidation of the substrate (1818. Fonseca MI, Zapata PD, Villalba LL, Fariña JI. Characterization of the oxidative enzyme potential in wild white rot fungi from the subtropical forest of Misiones (Argentina). Acta biològica colombiana. 2015;20(1):47-56.).

ARH decomposition bioassay

 

The decomposition of ARH was evaluated by a fermentation assay on solid substrate, performed under controlled conditions (25 °C and 90 % relative humidity). As a substrate, ARH of the LCP 85-384 variety, collected immediately after harvest (July, 2019) and autoclaved (20 min, 121 °C), was used. In 500 mL plastic trays, 4 g of sterilized dry residue were placed and the following treatments were evaluated: 1) ARH inoculated with three 0.5 cm2 fragments of the agarized medium containing fungal mycelium; 2) ARH inoculated with three 0.5 cm2 fragments of the agarized medium including fungal mycelium and 850 μL of 8 % (p v-1) glucose sterilized by filtration; 3) ARH noculated with 5 mL of a suspension of 109 conidia mL-1; 4) ARH inoculated with 5 mL of a suspension of 109 conidia mL-1 and 850 μL of 8 % (p v-1) glucose sterilized by filtration and 5) ARH uninoculated and moistened with 850 μL of sterile distilled water as a control. Treatments were distributed in a completely randomized experimental design with three replicates per treatment, and five individuals per replicate. At the beginning of the trial (t0) and at 65 days post-inoculation (t65), lignin content was determined using the lignin detergent acid (LDA) technique (1919. Goering HK, Soest PJV. Forage Fiber Analyses (apparatus, Reagents, Procedures, and Some Applications). Vol. 379. U.S. Agricultural Research Service; 1970. 24 p.). Data were analyzed by analysis of variance (ANOVA) and the LSD Fisher test with the InfoStat program (Statistical Software, 2010) for Windows.

RESULTS AND DISCUSSION

 

The use of native fungal strains adapted to the agroecological conditions of sugarcane fields in the region, and with the capacity to decompose the ARH, constitutes one of the most promising alternatives to accelerate the decomposition of the residue and avoid the harmful effects generated by the accumulation of biomass on the soil surface. Five fungal strains with different cultural and morphological characteristics were isolated from freshly harvested RAC of the LCP 85-384 variety. Of these, two showed neither cellulolytic nor ligninolytic activity, three showed cellulolytic activity when incubated in the presence of CMC, and one had both activities (Table 1). This strain (HR5E3) was selected for its ligninolytic and cellulolytic activity for molecular characterization.

Table 1.  Cellulolytic and ligninolytic activities in fungal strains isolated from sugarcane ARH

ND indicates no enzyme activity detected.

The cultural and morphological characterization of strain HR5E3 was carried out in EMA medium. The colony, circular, developed irregular edges with relief, velvety texture and grayish black coloration, due to the abundant production of chlamydospores (Figure 1a) (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.). The morphology of the hyphae and spores was observed under the optical microscope (Nikon, model E200). The hyphae, septate, presented rounded swellings close to the septa (Figure 1b). The average size of the conidia was 8-10 × 4-5 μm, with a pyriform or "pear" shape (Figure 1b).

Figure 1.  Morphology of Trichocladium pyriforme HR5E3. a) Appearance of the colony from the front with circular edges and grayish coloration; b) Microscopic appearance of hyphae and conidia. Arrows indicate pyriform or "pear-shaped" conidia

Molecular identification of the fungus was performed by PCR with ITS1/ITS4 primers that amplify a 600 bp fragment of the 16S rDNA gene. Sequencing confirmed that the selected fungal strain HR5E3 corresponds to the species Trichocladium pyriforme (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.) with 98.75 % identity. The morphological and cultural characteristics of T. pyriforme (2020. Dixon M. Trichocladium pyriformis sp. nov. Transactions of the British Mycological Society. 1968;51(1):160-4.) coincided with those observed in these determinations. The presence of this species was previously reported as part of the fungal community associated with decaying sugarcane leaves (2121. de Souza RSC, Okura VK, Armanhi JSL, Jorrín B, Lozano N, Da Silva MJ, et al. Unlocking the bacterial and fungal communities assemblages of sugarcane microbiome. Scientific Reports. 2016;6(1):1-15.), in spite of the variations that exist in the microbial populations associated with the tissues of the crop in question (2222. Miura T, Niswati A, Swibawa IG, Haryani S, Gunito H, Shimano S, et al. Diversity of Fungi on Decomposing Leaf Litter in a Sugarcane Plantation and Their Response to Tillage Practice and Bagasse Mulching: Implications for Management Effects on Litter Decomposition. Microbial Ecology. 2015;70(3):646-58. doi:10.1007/s00248-015-0620-9 ).

The growth and production of extracellular ligninolytic enzymes by T. pyriforme strain HR5E3 was evaluated using various solid culture media containing substrates or indicators that allow direct visualization of enzyme production (Table 2) (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ). Pycnoporus sp. strain P6, with ligninolytic activity (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ), was used as a positive control.

Table 2.  Ligninolytic enzyme activities of Trichocladium pyriforme HR5E3 in solid MBL medium
Fungal strains LiP (sulphur B) Lac (ABTS) POx (tannic acid)
T. pyriforme HR5E3 + C + C ++ C
Pycnoporus sp. P6 +++ C +++ C +++ C

The number of crosses indicates the intensity of positive reaction [weak (+) to very strong (+++)]; (C) no growth restriction; (LiP) Lignin peroxidase; (Lac) Lacase; (POx) Polyphenoloxidase; (ABTS) [2,2-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid)]

The results showed that the selected fungal strain produced extracellular ligninolytic enzymes from the LiP, Lac, and POx group, which are involved in lignin decomposition (1818. Fonseca MI, Zapata PD, Villalba LL, Fariña JI. Characterization of the oxidative enzyme potential in wild white rot fungi from the subtropical forest of Misiones (Argentina). Acta biològica colombiana. 2015;20(1):47-56.). However, the production potential for the three ligninolytic enzymes evaluated was lower than that of the control strain. In this work, MBL medium supplemented with tannic acid was used to detect the production of extracellular oxidases (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ), despite the fact that only some fungi are able to grow in the presence of this compound, due to its high toxicity (2323. Spennati F, Ricotti A, Mori G, Siracusa G, Becarelli S, Gregorio SD, et al. The role of cosubstrate and mixing on fungal biofilm efficiency in the removal of tannins. Environmental Technology. 2020;41(26):3515-23. doi:10.1080/09593330.2019.1615128 ). In this sense, T. pyriforme HR5E3 was not only able to grow in the presence of tannic acid at 0.5% (p v-1), but also showed moderate POx activity, so it would be interesting to study the possible use of this microorganism, not only to accelerate the decomposition of sugarcane ARH, but also in bioremediation processes of soils contaminated with this group of phenolic compounds (2424. Sen SK, Raut S, Bandyopadhyay P, Raut S. Fungal decolouration and degradation of azo dyes: A review. Fungal Biology Reviews. 2016;30(3):112-33. doi:10.1016/j.fbr.2016.06.003 ).

Because Lac has the capacity to differentially oxidize different substrates according to their redox potential (1616. Ahmed PM, Pajot HF, de Figueroa LIC, Gusils CH. Sustainable bioremediation of sugarcane vinasse using autochthonous macrofungi. Journal of Environmental Chemical Engineering. 2018;6(4):5177-85. doi:10.1016/j.jece.2018.08.007 ), the activity of this strain enzyme under study was evaluated in MBL medium supplemented with different substrates: syringaldazine with and without buffer P, DMP, and ABTS. Pycnoporus sp. P6 was used as a positive control. The extracellular Lac enzymes produced by T. pyriforme HR5E3 have affinity and activity for substrates such as ABTS and DMP, whereas they were not able to oxidize syringaldazine (Table 3). The differences observed between the substrates used could be attributed to the fact that they present chemical groups in different positions, which generates different affinities of Lacs for each compound (1111. Nguyen KA, Wikee S, Lumyong S. Brief review: lignocellulolytic enzymes from polypores for efficient utilization of biomass. Mycosphere. 2018;9(6):1073-88.).

Table 3.  Lac activity of Trichocladium pyriforme HR5E3 in the presence of different substrates
Fungical strains Lac (syringaldazine+buffer P) Lac (syringaldazine+buffer P Lac (DMP) Lac (ABTS)
T. pyriforme HR5E3 - - ++ ++
Pycnoporus sp. P6 + + +++ +++

The number of crosses indicates the intensity of positive reaction [weak (+) to very strong (+++)]; (C) no growth restriction; (LiP) Lignin peroxidase; (Lac) Lacase; (POx) Polyphenoloxidase; (ABTS) [2,2-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid)]

The ability of T. pyriforme HR5E3 to decompose ARH was evaluated in solid substrate fermentation bioassays under controlled conditions. At the beginning of the trial (t0), the lignin content of the ARH, prior to inoculation, was 16.74 % (p p p-1). As shown in Table 4, at 65 d post-inoculation (t65), the lignin content of the ARH of treatments 2, 3 and 4 was significantly reduced, while no differences were observed in treatment 1, when the inoculation of the ARH was performed only with the mycelium of the fungus. As expected, the lignin content of the uninoculated ARH (treatment 5) remained constant until the end of the trial.

Table 4.  Percentage of lignin in the ARH in the different treatments evaluated
Treatment Description Lignin Lignin reduction (%)
t0 (% p p-1) t65 (% p p-1)
1 ARH inoculated with mycelium 16.74 a 15.27 a 8.78
2 ARH inoculated with mycelium + glucose 8 %. 16.74 a 11.05 b 33.99
3 ARH inoculated with conidia suspension 16.74 a 12.06 b 27.95
4 ARH inoculated with conidia suspension + glucose 8 %. 16.74 a 7.98 b 52.33
5 ARH without inoculation 16.74 a 16.74 a 0

(t0) initial time; (t65) indicates 65 d postinoculation. Different letters, per row, indicate significant differences (LSD test, Fisher) with p≤ 0.05

Inoculation with conidia on the ARH reduced the lignin content by 27.95 % with respect to the initial value, probably due to the increase in the contact surface between the fungus and the residue. In the two treatments supplemented with 8 % glucose (p v-1), the final lignin content of the ARH was lower with respect to the control and lower with respect to the same treatment without the addition of glucose (Table 4). The decrease in lignin content, when the fermentation was carried out by inoculating the ARH with an agarized mycelium fragment supplemented with glucose, was 33.99 %, in relation to the initial lignin content; whereas, when it was carried out by inoculation with conidia and supplemented with glucose, the greatest reduction in lignin content was reached with a value of 52.33 % (Table 4). This would indicate that fungal decomposition of lignin by strain T. pyriforme HR5E3 is carried out with a di-auxic growth kinetics, as two different carbon (C) sources are present. It was reported that a critical factor for decomposing sugarcane harvest residue using fungal strains is the addition of a readily assimilable C source for the fungi to initiate biomass development (2525. Beary TP, Boopathy R, Templet P. Accelerated decomposition of sugarcane crop residue using a fungal-bacterial consortium. International Biodeterioration & Biodegradation. 2002;50(1):41-6. doi:10.1016/S0964-8305(02)00056-2 ). According to what was observed in this work, and in relation to what was reported by Chu and Barnes (2626. Chu D, Barnes DJ. The lag-phase during diauxic growth is a trade-off between fast adaptation and high growth rate. Scientific Reports. 2016;6(1):1-15. doi:10.1038/srep25191 ), in a first stage the fungus grows at the expense of glucose and, once this source of C is exhausted, it continues its growth by degrading lignin.

The capacity of various species of Trichocladium to decompose lignocellulolytic residues was reported (2727. Durrant LR. Biodegradation of lignocellulosic materials by soil fungi isolated under anaerobic conditions. International Biodeterioration & Biodegradation. 1996;37(3):189-95. doi:10.1016/S0964-8305(96)00022-4 ,2828. Pavarina EC, Durrant LR. Growth of lignocellulosic-fermenting fungi on different substrates under low oxygenation conditions. Applied Biochemistry and Biotechnology. 2002;98(1):663-77. doi:10.1385/ABAB:98-100:1-9:663 ), when these fungi were cultivated on sugarcane bagasse and sawdust, the degradation of lignocellulosic material was promoted. Some species of the genus in question produce endo- and exoglucanases, xylanases and β-glucosidases capable of decomposing cellulose under aerobic, microaerophilic and anaerobic conditions. This capacity, together with the production of Lacs, both in aerobic and microaerophilic conditions, gives this group of fungi great versatility to digest the structural polysaccharides of the cell wall of plants, regardless of the level of oxygen found in the environment, giving them a competitive advantage in natural environments over other decomposing microorganisms (2727. Durrant LR. Biodegradation of lignocellulosic materials by soil fungi isolated under anaerobic conditions. International Biodeterioration & Biodegradation. 1996;37(3):189-95. doi:10.1016/S0964-8305(96)00022-4 ).

If studies on the molecular basis associated with the production of these biotechnologically relevant enzymes are deepened, the strain T. pyriforme HR5E3 could be used on a large scale to promote the rapid release of fermentable sugars from RAC for subsequent transformation into alcohol or other compounds. In this way, it would be possible to take advantage of a crop residue that is produced in large quantities, converting it into raw material for obtaining compounds of interest, and achieve its revaluation.

CONCLUSIONS

 
  • Strain HR5E3, identified as Trichocladium pyriforme and isolated from ARH of LCP 85-384 sugarcane in Tucumán (Argentina), showed cellulolytic and ligninolytic activity in vitro, and accelerated the decomposition of ARH in solid substrate fermentation tests, by diauxic growth, in the presence of glucose.

  • The selected strain could be used as a potential bioinoculant to accelerate the decomposition of ARH that remains as a mulch on the soil surface after green harvesting of sugarcane. This would contribute to avoid the detrimental effects that, in some areas, the maintenance of the unaltered ARH cover could have on the growth and development of the sugarcane field.

ACKNOWLEDGMENTS

 

Authors would like to thank Dr. Pablo Ahmed for his collaboration and advice during the enzymatic assays.